Według gazety FBI zaczęło podejrzewać, że nowy prezydent USA może mieć powiązania z Rosją już podczas jego prezydenckiej kampanii w 2016 roku, ale wówczas wstrzymano się z otwarciem śledztwa, m.in. ze względu na skalę i wrażliwość sprawy. 

Dochodzenie pod kątem bezpieczeństwa narodowego wszczęto jednak później, na skutek działań Trumpa przed i po zwolnieniu przez niego dyrektora FBI Jamesa Comeya w maju 2017 roku, a zwłaszcza pod wpływem dwóch sytuacji sugerujących, że "Trump wiąże sprawę zwolnienia Comeya z (prowadzonym przez FBI) śledztwem w sprawie (możliwego ingerowania) Rosji (w wybory prezydenckie w USA)".

Jak pisze "NYT", wątek kryminalny i kontrwywiadowczy połączono w jedno śledztwo, bo "jeśli Trump zwolnił Comeya, by utrudnić lub wręcz uniemożliwić FBI kontynuowanie dochodzenia w sprawie Rosji, to stanowiłoby to zarówno przestępstwo, jak i problem związany z bezpieczeństwem narodowym". 

Według rozmówców dziennika Trump ściągnął na siebie uwagę FBI, gdy podczas kampanii wyborczej, w lipcu 2016 roku, apelował do Rosji o włamanie się do skrzynki mailowej jego rywalki, Demokratki Hillary Clinton. Ponadto w kampanii wstrzymywał się od krytykowania Rosji i z uznaniem wypowiadał o rosyjskim prezydencie Władimirze Putinie, a Partia Republikańska zmieniła swoją politykę w sprawie sprowokowanego przez Rosję konfliktu na wschodzie Ukrainy "w sposób, jak się wydawało, korzystny dla Rosji".

Wśród innych przyczyn zaniepokojenia FBI źródła gazety wskazują teczkę z materiałami zgromadzonymi przez byłego agenta wywiadu brytyjskiego Christophera Steele'a. Teczka zawierała niezweryfikowane informacje, z których wynikało, że Rosja próbowała uzyskać narzędzia wywierania nacisku na Trumpa w celu szantażowania lub przekupienia go. 

Trump wielokrotnie kategorycznie zaprzeczał, jakoby miał powiązania z Rosją, a śledztwo prowadzone przez Muellera nazywa "polowaniem na czarownice" i próbą zakwestionowania jego prezydentury.

Rzeczniczka Białego Domu Sarah Sanders artykuł "NYT" nazwał absurdalnym