W ubiegłym roku z Instytutu odszedł jego ówczesny prezes, Mieczysław Wachowski, który przejął działający przy nim Fundusz Lecha Wałęsy, który obecnie nosi nazwę Światowego Centrum Pokoju i został całkowicie odcięty od działań byłego prezydenta.

Po odejściu Wachowskiego, nowym prezesem został Jerzy Stępień. Ten, zaraz po objęciu stanowiska zlecił firmie zewnętrznej audyt finansowo-księgowy. Raport z audytu wykazał, że dług wynosi obecnie ponad milion złotych. Stępień złożył rezygnację, która czeka teraz na przyjęcie. Powiedział że ta misja przerasta jego możliwości, nie czuje on oparcia w instytucie, dlatego zdecydował o swoim odejściu.

Nie wiadomo co teraz stanie się z Instytutem, prawdopodobnie będzie kierować nim osoba z najbliższego kręgu Wałęsy, inni twierdzą, że możliwa jest także likwidacja.