W 1885 r. zdał maturę i wyjechał na studia matematyczno-fizyczne do Odessy. To właśnie tam urzekło go morze. Fascynacja była tak silna, że morze zaczął malować i przeniósł się do Szkoły Sztuk Pięknych.

Podczas studiów zaciągnął się jako marynarz i na rosyjskich statkach handlowych pływał do Afryki, Indii, Chin i Japonii. W latach 1891–1892 odbył także obowiązkową służbę wojskową w armii carskiej.

Studia i żeglowanie nie przeszkodziły Zaruskiemu zaangażować się w działalność polskiej konspiracji niepodległościowej – należał do Ligii Narodowej oraz koła polskich studentów, był również jednym z organizatorów odeskiego oddziału Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół”.

Działalność niepodległościowa Zaruskiego nie została jednak niezauważona przez carską policję polityczną. W 1894 r. został aresztowany i uwięziony w Twierdzy Pietropawłowskiej, otrzymując wyrok półtora roku więzienia i pięciu lat zesłania do guberni archangielskiej.

Przygoda w Tatrach

Rosyjskie władze potrzebowały wykwalifikowanych oficerów, dlatego gubernator Archangielska wyraził zgodę na służbę Zaruskiego na statkach pływających poza obszar Rosji. Odebrał tylko od zesłańca słowo honoru, że ten nie ucieknie.

Jesienią 1899 r. wrócił do Odessy. Poznał córkę miejscowego lekarza, Izabelę Kietlińską. Po ślubie w 1901 r. małżonkowie przenieśli się do Krakowa, gdzie Zaruski kontynuował studia malarskie. Studiował pod okiem Józefa Mehoffera, Stanisława Wyspiańskiego oraz Leona Wyczółkowskiego. W 1906 r., z bardzo dobrymi ocenami, ukończył krakowską ASP.

Ze względu na stan zdrowia Izabeli Zaruscy w 1904 r. przenieśli się do Zakopanego. Tam Zaruski odkrył nową pasję: rozpoczął zimowe taternictwo. Przyczynił się też do rozwoju narciarstwa.

W 1909 r. założył Tatrzańskie Ochotnicze Pogotowie Ratunkowe, którego był pierwszym naczelnikiem. „Dobrowolnie przyrzekam pod słowem honoru, że póki zdrów jestem, na każde wezwanie Naczelnika lub jego Zastępcy bez względu na porę roku, dnia i stan pogody stawię się w oznaczonym miejscu i godzinie…” – głosi tekst ułożonego przez Zaruskiego ślubowania ratowników.

W walce o niepodległą Polskę

Znajomość Zaruskiego z Józefem Piłsudskim rozwinęła się po 1912 r., gdy w Galicji zalegalizowany został Związek Strzelecki „Strzelec”, a Zaruski został szefem zakopiańskiej Kompanii Strzeleckiej. 5 sierpnia 1914 r. na wieść o tworzeniu się I Kompanii Kadrowej z Zakopanego wymaszerował do Krakowa dowodzony przez Zaruskiego oddział strzelców.

Brał udział w walkach z wojskami rosyjskimi na Kielecczyźnie, Podhalu, Lubelszczyźnie i Wołyniu. Podczas kryzysu przysięgowego odmówił złożenia przysięgi wierności cesarzom Niemiec i Austrii. Został oskarżony o bunt i aresztowany. W grudniu 1917 r. zwolniono go z więzienia i austriackiej armii. Wrócił do Zakopanego, gdzie stanął na czele Polskiej Organizacji Wojskowej na Podhalu. W październiku 1918 r. był też jednym z twórców „Rzeczypospolitej Zakopiańskiej”. Kilka tygodni później dowodził oddziałami zajmującymi polskie wsie na Orawie i Spiszu, a za swoją służbę w grudniu 1918 r. otrzymał awans do stopnia majora.

Kariera wojskowa Zaruskiego

W Wielkanoc 16 kwietnia 1919 r. jego żołnierze w brawurowym ataku zajęli wileński dworzec, uczestnicząc w ciężkich walkach na ulicach miasta. Za zdobycie dworca kolejowego w Wilnie otrzymał Krzyż Virtuti Militari.

Po zakończeniu wojny polsko-bolszewickiej kontynuował karierę wojskową.

W 1924 r. otrzymał nominację na stopień generała brygady, pozostając do 1925 r. adiutantem. Tuż przed zamachem majowym, 30 kwietnia 1926 r., przeszedł w stan spoczynku.

Jeszcze w trakcie służby u boku prezydenta zaangażował się w propagowanie idei morskiej. Następnie był przewodniczącym komisji regulaminów morskich kierownictwa Marynarki Wojennej. W 1935 r. kierownictwo Harcerskich Drużyn Żeglarskich poprosiło go o objęcie funkcji kapitana na żaglowcu „Zawisza Czarny”.

Ostatni rejs

Ostatni rejs na „Zawiszy” ukończył latem 1939 r., nie popłynął w przygotowany na sierpień kolejny rejs. Postanowił nie opuszczać kraju w obliczu nadchodzącej wojny. Wyjechał z Gdyni i mimo zaawansowanego wieku zgłosił się do służby w mobilizowanej armii, do której nie został jednak przyjęty.

Od września 1939 r. ukrywał się we Lwowie. W 1940 r. został zadenuncjowany, aresztowany i skazany na pięć lat zesłania. Przez kilka miesięcy był przetrzymywany w więzieniu Brygidki we Lwowie, ale ze względu na chorobę serca w październiku 1940 r. został przetransportowany do szpitala więziennego w Chersoniu.

Według dokumentów szpitalnych zmarł 8 kwietnia 1941 r. Został pochowany na chersońskim cmentarzu, jednak nie udało się ustalić dokładnej lokalizacji grobu. Zaruski ma również symboliczną mogiłę na Pęksowym Brzyzku w Zakopanem oraz symboliczne miejsce pochówku w wodach Zatoki Gdańskiej, gdzie rozsypano ziemię z cmentarza w Chersoniu.