Pięć dni przed swymi 61. urodzinami, 13 maja 1981 r., w uroczystość Matki Bożej Fatimskiej, przed godz. 17 papież wjechał otwartym samochodem terenowym na plac przed Bazyliką św. Piotra na tradycyjną środową audiencję generalną. W aucie razem ze stojącym Janem Pawłem II byli jego sekretarz ks. Stanisław Dziwisz, osobisty kamerdyner Angelo Gugel i żołnierz Gwardii Szwajcarskiej Alois Estermann, jej późniejszy dowódca.

Podczas objazdu placu papież pozdrawiał wiernych. Na wysokości Spiżowej Bramy schylił się, by objąć półtoraroczną dziewczynkę. Kilka metrów obok stał 23-letni Agca. To on, powiązany z ultranacjonalistyczną turecką organizacją Szare Wilki, groził dwa lata wcześniej, w czasie wizyty polskiego papieża w Turcji, że go zabije. Zbiegł z więzienia, gdzie odbywał karę za zabójstwo tureckiego dziennikarza Abdi Ipekciego, obrońcy praw człowieka.

O godzinie 17.17 Agca wyjął pistolet Browning i z niewielkiej odległości oddał strzały do Jana Pawła II, raniąc go w brzuch, łokieć i palec.

13 maja o 17.19, podczas audiencji generalnej na placu św. Piotra, Mehmet Ali Agca, oddał strzały w stronę Ojca Świętego Jana Pawła II pic.twitter.com/fI81FVAtt7

— Archidiecezja Krakowska (@ArchKrakowska) May 13, 2024

Zamachowiec zaczął uciekać, za rękę złapała go zakonnica Letizia Giudici, wyrwał się jej, a po kilku minutach został zatrzymany przez policjantów. Na placu św. Piotra wybuchła panika. Ciężko rannego papieża zawieziono najpierw - nie bez kłopotów ze względu na panikę, która wybuchła na placu - na teren Watykanu, przed budynek tamtejszej przychodni. Tam położono go na noszach, na ulicy. Wezwany bezzwłocznie osobisty papieski lekarz doktor Renato Buzzonetti stwierdził, że jego stan z powodu dużej utraty krwi jest bardzo ciężki. Zapadła decyzja o natychmiastowym przewiezieniu do kliniki Gemelli, położonej dość daleko od Watykanu. Jechał ambulansem, podarowanym mu przez katolickich lekarzy, który oglądał dokładnie dzień wcześniej podczas wizyty w watykańskim ośrodku medycznym.

W karetce stan papieża coraz bardziej się pogarszał, Jan Paweł II stracił przytomność. W swej ostatniej książce „Pamięć i tożsamość” wydanej w 2005 r. Jan Paweł II wspominał: „Pamiętam tę drogę do szpitala. Zachowałem jeszcze przez pewien czas świadomość. Miałem poczucie, że przeżyję. Cierpiałem, byłowód do strachu, ale miałem taką dziwną ufność. Mówiłem do księdza Stanisława Dziwisza, że wybaczam zamachowcowi. Co działo się w szp pitalu, już nie pamiętam”.

Lekarze, którzy natychmiast przystąpili do operacji, prowadzili trwającą ponad pięć godzin dramatyczną walkę o życie Jana Pawła II ze względu na liczne wewnętrzne obrażenia i ogromną utratę krwi. Przyjęła się dopiero druga transfuzja. Gdy pierwszą organizm odrzucił, lekarze ze szpitala oddawali w pośpiechu swoją krew. Jednocześnie okazało się, że kula przeszła o kilka milimetrów od tętnicy głównej. Operacja zakończyła się po godzinie 23 i choć według pierwszego komunikatu zakończyła się pomyślnie, istniało bardzo duże ryzyko wystąpienia grożących śmiercią komplikacji pooperacyjnych.

Pierwsze reakcje światowych mediów mówiły o „zbrodni stulecia”, „chorobie, w której pogrąża się świat”. Przypominano, że „polski papież” w krótkim czasie potrafił zdobyć poważanie, sympatię i uznanie zarówno wiernych, jak i niewierzących swoją „humanistyczną postawą, działaniem na rzecz porozumienia między narodami, wybitnymi zdolnościami i energią”. Podkreślano też, że zamach to kolejny dowód, że terroryzm „nie zna świętości ani granic”, i potwierdził to „brutalnie i złowieszczo, z przelaniem krwi papieskiej włącznie”. „Nie pogodziliśmy się z zamachami na polityków i mężów stanu, jakie niestety zbyt często powtarzają się na różnych krańcach globu. W czasach nam bliższych nikt jednak nie podniósł ręki na jednego z najwyższych duchownych świata. Teraz linia ta została przekroczona” – stwierdzali zgodnie komentatorzy prasowi.

W niedzielę 17 maja w południe cały świat usłyszał głos papieża, który za pośrednictwem Radia Watykańskiego nagrał przemówienie poprzedzające modlitwę Regina Coeli. Powiedział wtedy m.in.: „Jestem szczególnie bliski dwóm osobom zranionym wraz ze mną oraz modlę się za brata, który mnie zranił, a któremu szczerze przebaczyłem. Zjednoczony z Chrystusem, Kapłanem-Ofiarą, składam moje cierpienie w ofierze za Kościół i świat. Tobie, Maryjo, powtarzam: Totus Tuus ego sum”.

3 czerwca Jan Paweł II powrócił do Watykanu, rozpoczynając rekonwalescencję. Jednak 17 dni później okazało się, że konieczna jest ponowna hospitalizacja z powodu komplikacji. Lekarze postanowili zatrzymać papieża w klinice aż do 13 sierpnia. Tego dnia w oficjalnym komunikacie medycznym poinformowano o pomyślnym zakończeniu leczenia pooperacyjnego.

Agca, schwytany przez policję już kilka minut po zamachu, został najpierw umieszczony w areszcie w policyjnym wydziału do walki z terroryzmem, a następnie w rzymskim więzieniu Rebibbia. Podczas trwającego 53 dni śledztwa wielokrotnie zmieniał zeznania bądź odmawiał udzielania odpowiedzi, co prowadzących śledztwo utwierdziło w przekonaniu, że jest chorobliwym kłamcą.

Jego proces rozpoczął się w Rzymie 20 lipca 1981 r. Na sali sądowej zamachowiec siedział w kabinie ze szkła kuloodpornego, strzeżony przez karabinierów. Oskarżono go nie tylko o próbę zamordowania papieża, ale również o zranienie dwóch kobiet stojących w tłumie wiernych, o nielegalne posiadanie broni oraz posługiwanie się fałszywymi dokumentami. Zaledwie po trzech dniach procesu, 22 lipca, Agca otrzymał najwyższy możliwy we Włoszech wymiar kary - dożywocie. 27 grudnia 1983 r. odwiedził go w więzieniu Jan Paweł II.

Papież wybaczył mu próbę zabójstwa, a władze włoskie zwolniły z więzienia na podstawie aktu łaski w 2000 r. i przekazały władzom tureckim. Resztę kary odbywał w więzieniu w Sincan pod Ankarą za zabójstwo dziennikarza z 1979 r., gdy działał w nacjonalistycznej organizacji Szare Wilki. Agca wyszedł z więzienia 18 stycznia 2010 r.

Bezpośrednio po zamachu nie były znane motywy, które pchnęły jednego lub więcej zamachowców do tego czynu. Pisano wówczas jedynie o tym, iż znajomość faktów i okoliczności zamachu muszą być podane do wiadomości opinii publicznej, podkreślano, że „nic nie może zamazać haniebnego targnięcia się na życie Jana Pawła II”.

„Rozkaz zabicia Jana Pawła II wyszedł bezpośrednio od KGB” - ujawnił Konstantin Karadzow, były szef bułgarskiego odpowiednika KGB Dyrżawna Sigurnost. Fragmenty jego wypowiedzi nadała w 1991 r. telewizja włoska RAI-Uno. „Moskwa głęboko zaniepokojona polityką wschodnią papieża z Polski obawiała się, że sama jego obecność na Stolicy Piotrowej wpłynie destabilizująco na cały system wpływów radzieckich we wschodniej i środkowej Europie. Przeprowadzenie zamachu zostało powierzone służbom wywiadowczym podlegającym bułgarskiemu odpowiednikowi KGB” - powiedział Karadzow.

Od pamiętnego 13 maja nic w tej sprawie nie zostało wyjaśnione do końca. Papież swoją teorię przedstawił w książce „Pamięć i tożsamość”. Napisał o zamachu : „Myślę, że był on jedną z ostatnich konwulsji XX-wiecznych ideologii przemocy. Przemoc propagował faszyzm i hitleryzm, przemoc propagował komunizm”.