„Gazeta Wyborcza” w niektórych środowiskach uchodzi za jeden z symboli 25 lat III RP. Powstała w wyniku uzgodnień zawartych przy Okrągłym Stole, w ramach których ówczesna strona „opozycyjno-solidarnościowa” uzyskała od władz PRL prawo do wydawania legalnego dziennika. Naczelnym Lech Wałęsa mianował Adama Michnika, przy Okrągłym Stole jednego z głównych rozgrywających po stronie Solidarności.

– Zostałem naczelnym z przypadku, bo kiedy rozważaliśmy z prof. Bronisławem Geremkiem – początkowo we dwójkę tylko – kto by był najlepszy na szefa, chodziło o to, że to musi być ktoś, kto ma znane opozycyjne nazwisko, kto ma dobre stosunki z kierownictwem „Solidarności” i z Wałęsą. I padło na mnie – mówi Michnik w tekście zamieszczonym na stronie 25lat.wyborcza.pl.  

Pierwszy numer „Gazety Wyborczej” ukazał się 8 maja 1989 roku. Tytuł podyktowany był faktem, że gazeta miała być przede wszystkim rodzajem biuletynu wyborczego strony solidarnościowej przed wyborami 4 czerwca 1989 roku. W niewielkim stopniu równoważącego wpływy medialne strony rządowej, mającej w tym czasie w swoich rękach cały aparat informacyjno-propagandowy.

Po wyborach 4 czerwca kierownictwo gazety zdecydowało się zachować tytuł – dziennik bowiem zdążył zdobyć sobie już znaczącą pozycję na rynku. Poza tym, argumentowali szefowie gazety, tytuł „Wyborcza” ma uzasadnienie o tyle, że w demokracji stale trzeba dokonywać jakichś wyborów.

Choć dziennik powstał pod auspicjami Komitetu Obywatelskiego Solidarności, jego wydawcą od początku była spółka Agora, której formalnymi założycielami byli opozycjoniści. Redakcja została oparta na dziennikarzach prasy podziemnej lat 80., przede wszystkim „Tygodnika Mazowsze”. Stało się to powodem pierwszych konfliktów wokół „GW” – część środowisk solidarnościowych i podziemnych uważała, że redakcja reprezentuje tylko jeden odłam opozycji, ten wywodzący się z dawnego lewego skrzydła KSS "KOR".

Po wyborach 4 czerwca „Gazeta Wyborcza” i osobiście Michnik odegrali po raz pierwszy rolę kreatora życia politycznego. 3 lipca 1989 roku na łamach „GW” ukazał się słynny tekst „Wasz prezydent, nasz premier”, w którym Michnik po raz pierwszy otwarcie sformułował postulat podzielenia się przez PZPR władzą w państwie. Postulat ten został potem zrealizowany, gdy prezydentem PRL został Wojciech Jaruzelski, a pierwszym niekomunistycznym premierem Tadeusz Mazowiecki.

Gdy w 1990 roku doszło do „wojny na górze” i podziału w obozie Solidarności, "Gazeta" wyraźnie opowiedziała się po stronie Tadeusza Mazowieckiego i przeciw prezydenckim aspiracjom Lecha Wałęsy. Przypłaciła to ostatecznym rozbratem z Solidarnością i odebraniem prawa do używania przy winiecie logo związku.

Po tych wyborach powstało nowe ugrupowanie – Unia Demokratyczna, na której czele stanął przegrany w wyborach prezydenckich Tadeusz Mazowiecki. Była to formacja najbliższa „Gazecie Wyborczej”, więc dziennik wspierał ją w kolejnych wyborach (tak jak potem Unię Wolności, powstałą z połączenia UD i Kongresu Liberalno-Demokratycznego).

Niechęć „Gazety” wywoływał natomiast powstały po pierwszych w pełni demokratycznych wyborach w 1991 roku rząd Jana Olszewskiego, zwłaszcza postulowane przez ugrupowania wspierające ten rząd propozycje dekomunizacji i lustracji. Zdecydowanie negatywnie oceniona została przez dziennik realizacja przez szefa MSW w tym rządzie Antoniego Macierewicza uchwały lustracyjnej Sejmu w dniu 4 czerwca 1992 roku.

Antylustracyjna linia była konsekwentnie utrzymywana przez „Gazetę Wyborczą” przez kolejne lata, o czym najlepiej zaświadcza sprzeciw redakcji i Michnika wobec uchwalenia w 1998 roku ustawy o Instytucie Pamięci Narodowej, choć projekt ten, obok rządzącej wtedy AWS, popierała także koalicyjna Unia Wolności.