Po wybuchu II wojny i opanowaniu kraju przez wojska niemieckie Rodowicz włączył się w antyniemiecką konspirację i wstąpił do Szarych Szeregów, gdzie uczestniczył w akcjach sabotażowych. Kontynuował także naukę na tajnych kompletach w Liceum Batorego i w 1941 r. zdał tam egzamin maturalny. Później zatrudnił się w warsztacie elektrotechnicznym, a później w Zakładach Radiowych Philipsa. Po maturze uczęszczał na kurs budowy maszyn i elektrotechniki, a później kształcił się w Szkole Elektrotechnicznej.

Równocześnie kontynuował działalność podziemną. W 1942 r. wziął udział w Zastępczym Kursie Szkoły Podchorążych Rezerwy Piechoty Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej "Agricola". Był także adeptem kursów wyszkolenia bojowego i dywersji. W listopadzie 1942 r. mianowano go zastępcą dowódcy 2. drużyny Feliksa Pendelskiego w Hufcu Centrum Grup Szturmowych Szarych Szeregów.

Uczestniczył w wielu akcjach bojowych m.in. pod Arsenałem, podczas której odbito z rąk niemieckich Jana Bytnara "Rudego" oraz akcji "Celestynów", mającej na celu odbicie więźniów przewożonych do obozu koncentracyjnego Auschwitz.

We wrześniu 1943 r. po stworzeniu Batalionu "Zośka", Rodowicz został zastępcą dowódcy 3. plutonu Konrada Okolskiego 1. kompanii, którą dowodził Sławomir Bittner ps. Maciek. W listopadzie objął funkcję p.o. dowódcy plutonu "Ryszard" 2. kompanii "Rudy". W tamtym okresie uczestniczył m.in. w przygotowaniu akcji uwolnienia więźniów pod Milanówkiem i ataku na posterunek żandarmerii niemieckiej. Równocześnie w pierwszej połowie 1944 r. wspólnie z plutonem odbył szkolenie wojskowe w Puszczy Białej.

Po wybuchu powstania warszawskiego początkowo walczył na Woli, gdzie był zastępcą dowódcy 3. plutonu "Felek" Batalionu "Zośka". Brał m.in. udział w walkach o Cmentarz Ewangelicki, potem ciężko ranny, trafił do szpitala. 11 sierpnia został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari V klasy. Po ewakuacji Starówki przedostał się kanałami wraz z grupą rannych żołnierzy Batalionu "Zośka" na Śródmieście. Na tydzień znów trafił do szpitala, a później wrócił do kolegów walczących na Czerniakowie. Ponownie ranny, został nocą z 17 na 18 września przewieziony przez żołnierzy armii Berlinga pontonem przez Wisłę na Pragę.

Później przebywał na leczeniu w Otwocku, skąd powrócił na początku 1945 r. do rodziny przebywającej w Milanówku. Odnowił kontakty z kolegami z "Zośki". Objął także funkcję dowódcy oddziału dyspozycyjnego szefa Obszaru Centralnego Delegatury Sił Zbrojnych płk Jana Mazurkiewicza, gdzie zajmował się m.in. akcjami propagandowymi przeciw władzom komunistycznym. W sierpniu 1945 r. po rozwiązaniu Delegatury przeprowadził się do Warszawy, gdzie wspólnie z żołnierzami Batalionu "Zośka" nadzorował ekshumację i pochówek współtowarzyszy na Powązkach.

We wrześniu 1945 r. po apelu płk Mazurkiewicza ujawnił się przed Komisją Likwidacyjną AK Okręgu Centralnego, z którą później przez pewien czas współpracował. W tym okresie zajmował się spisywaniem list poległych i zaginionych żołnierzy Batalionu "Zośka" i współtworzył "Archiwum Baonu Zośka". Rozpoczął również studia na Wydziale Elektrycznym Politechniki Warszawskiej, z którego w kolejnym roku przeniósł się na Wydział Architektury.

- Nie pamiętam niestety „Anody”. Z opowieści rodzinnych wiem, że był on człowiekiem pełnym woli życia, aktywnym, pragnął odbudowywać Warszawę. Bardzo zdolny, studiował architekturę, pięknie rysował. Pełen optymizmu, zawsze jednak był wierny swoim zasadom i wartościom. Kultywował pamięć o żołnierzach powstania. Z jego inicjatywy koledzy pisali wspomnienia, na bazie których powstała dokumentacja batalionu „Zośka" - opowiada Jan Rodowicz, syn stryjecznego brata "Anody".

24 grudnia 1948 r. Rodowicz został aresztowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa i przewieziony do gmachu Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, gdzie poddano go brutalnemu śledztwu. Jan Rodowicz zginął 7 stycznia 1949 r. w niewyjaśnionych do dziś okolicznościach. Według UB wyskoczył z IV piętra budynku, ale wiele przemawia za tym, że został z niego wypchnięty. 12 stycznia zwłoki "Anody" w tajemnicy przetransportowano do zakładu pogrzebowego, później anonimowo pochowano na Powązkach. Bliscy o jego śmierci dowiedzieli się kilka tygodni później, dokonali ekshumacji i przeniesienia zwłok do rodzinnego grobu na Starych Powązkach.

Anna Jakubowska ps. Paulinka, koleżanka "Anody" z powstania wspomina, że dla niej był on kwintesencją cech, które ceni najbardziej. - Był wielkim bohaterem powstania, czym się zupełnie nie szczycił. Tak samo traktował podwładnych, jak i zwierzchników. Nigdy nie dążył do tego, by być ważniejszym od kogoś innego. Bardzo odpowiedzialny, miał niezwykłą osobowość - wrażliwą, pogodną, pełną dowcipu. Przed powstaniem byłam z nim na tzw. bazie leśnej, czyli obozie szkoleniowym w terenie w ramach przygotowań do akcji „Burza”. Wszyscy byli bardzo zmęczeni i każdy starał się przespać. Także on, z nieodłącznym karabinem w ramionach, zasnął na trawie. Wtedy koledzy oplątali go sznurem i czekali jak się zachowa. Po przebudzeniu Janek próbował się uwolnić, śmiejąc się równocześnie z naszego pomysłu. On był w grupie dowódczej, był instruktorem. Gdyby taki kawał zrobić komuś innemu, mógłby zareagować nawet wydaleniem z obozu, jednak „Anoda”  miał do siebie dystans - wspominała "Paulinka".

Rodowicz jest patronem drużyn harcerskich i ulic, poświęcono mu film dokumentalny i sztukę telewizyjną, pośmiertnie został także odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.