13 marca 2013 roku, po rezygnacji papieża Benedykta XVI, podczas drugiego konklawe, w piątym głosowaniu, Jorge Mario Bergoglio, został wybrany nowym papieżem. Biały dym, obwieszczający światu wybór nowej Głowy Kościoła, pojawił się o godzinie 19:06 czasu lokalnego.
Jorge Mario Bergoglio przyjął imię Franciszek, na cześć świętego z Asyżu.
– Mamy papieża. najczcigodniejszego i najprzewielebniejszego Jorge Mario, kardynała świętego rzymskiego Kościoła, Bergoglio, który przybrał imię Franciszek – powiedział po wyborze nowego papieża kardynał Tauran.
– Wiecie, że obowiązkiem konklawe jest wybranie biskupa Rzymu. Wydaje się, że moi bracia kardynałowie wybrali go prawie z końca świata. Dziękuję Wam za powitanie – przywitał się z wiernymi, zebranymi na Pl. Św. Piotra Franciszek, tuż po wyborze.
Inauguracja pontyfikatu Franciszka nastąpiła 19 marca. We Mszy św. z tej okazji, uczestniczyło ok. 200 tys. wiernych. Już wtedy nowo wybrany papież podkreślał, że "papiestwo nie jest zaszczytem, ale służbą, zwłaszcza na rzecz najbiedniejszych i zapomnianych".
Mówił również, powołując się na św. Franciszka z Asyżu, że każdy powinien być odpowiedzialny za świat i opiekować się „całą rzeczywistością stworzoną”.
Franciszek w kwietniu 2014 roku, po raz pierwszy w historii, kanononizował dwóch swoich poprzedników - Jana XXIII i Jana Pawła II.