Prokuratura postawiła Kwiatkowskiemu cztery zarzuty dotyczące przekroczenia uprawnień. Kwiatkowski miał nadużywać swojej władzy przy obsadzaniu stanowisk w Najwyższej Izbie Kontroli. Działo się tak m.in. w związku z konkursami na dyrektora łódzkiej delegatury NIK, wicedyrektora delegatury i Rzeszowie i wicedyrektora departamentu środowiska NIK. Poza tym, Kwiatkowski miał podżegać do nadużywania władzy w związku z konkursem na dyrektora rzeszowskiej delegatury NIK.

Prokuratura twierdzi, że bezprawnie unieważniał on konkurs, gdy faworyzowany przez niego kandydat wypadł niewłaściwie. Zarzuty zostały, zdaniem prokuratury, przedstawione na podstawie bardzo obszernego materiału dowodowego. Są w nim m.in. nagrane rozmowy z kandydatami na stanowiska kierownicze w delegaturach.

Dwa tygodnie temu Sejm zdecydował o uchyleniu immunitetu Krzysztofowi Kwiatkowskiemu. Stało się podobno na jego osobisty wniosek. Kwiatkowski zapoznawszy się z zarzutami uznał, że są one bezzasadne i zapowiedział, że dalej będzie wykonywał swoje obowiązki na stanowisku szefa Najwyższej Izby Kontroli.