W miejscu, gdzie pochowanych jest wielu wybitnych Polaków pojawiły się agresywne napisy i błyskawice, symbole proaborcyjnych protestów.
Na ścianach kościoła oraz na bramie wjazdowej do świątyni pojawiły się czerwone błyskawice. Symbole agresywnych protestów proaborcyjnych.
Nieznani sprawcy namalowali również na asfalcie tuż przed kościołem hasła: "aborcja jest ok" i "stop pedofilii w kościele".
W ostatnich dniach pojawia się coraz więcej ataków na kościoły w Polsce. Zwykle są to akty wandalizmu polegające na malowaniu agresywnych haseł, ale zdarzały się również incydenty polegające na niszczeniu religijnych instalacji.
Kościół na Skałce kojarzony jest przede wszystkim z męczeńską śmiercią krakowskiego biskupa Stanisława ze Szczepanowa, patrona Polski, oraz z obecnymi tu za sprawą Jana Długosza ojcami paulinami.
Dzisiejszy kościół na Skałce jest prawdopodobnie trzecim z kolei, jaki stanął w tym miejscu. Pierwotną romańską rotundę św. Michała Archanioła, w której miał zginąć bp Stanisław, przebudowano na modłę gotycką z fundacji Kazimierza Wielkiego w XIV wieku. Ten zaś kościół, zniszczony podczas najazdu Szwedów w połowie XVII wieku, zdecydowano się rozebrać. Ostateczny wygląd obecnej – barokowej – budowli, w tym także monumentalne dwubiegowe schody prowadzące do wnętrza świątyni, zawdzięczamy warszawskiemu architektowi Antoniemu Solariemu. Nowemu kościołowi nadano podwójne wezwanie: św. Michała Archanioła oraz św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Wówczas także połączony z kościołem klasztor oo. Paulinów zyskał wygląd renesansowego zamku w stylu włoskim.
