Izba skontrolowała organizację oraz działanie systemu zarządzania nieprawidłowościami w zakresie europejskich funduszy rolnych (Europejski Fundusz Rolniczy Gwarancji oraz Europejski Fundusz Rolny na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich) w obszarach: informowania Komisji Europejskiej o nieprawidłowościach w wydatkowaniu środków z tych funduszy oraz obsługi postępowań wyjaśniających przed KE w tych sprawach.

W ocenie NIK system funkcjonował sprawnie, a realizacja zadań w skontrolowanych obszarach była zgodna z przepisami unijnymi oraz z zasadą należytego zarządzania finansami. Według danych KE za 2013 r. raporty nieprawidłowości zgłaszane są przez Polskę średnio 10 miesięcy po wykryciu. Wskaźnik terminowości raportowania nieprawidłowości przez wszystkie państwa członkowskie w ramach Wspólnej Polityki Rolnej wynosił 20 miesięcy. W latach 2010-2015  Polska zgłosiła do KE 1180 nieprawidłowości, na łączną kwotę 96,2 mln euro.

"Polskie instytucje uczestniczą także w postępowaniach wyjaśniających w ramach Wspólnej Polityki Rolnej przed KE, w wyniku których obniżono kwotę wstępnie proponowanych przez Komisję wyłączeń z finansowania UE. W efekcie działań Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz agencji płatniczych w latach 2004-2015 (I połowa) ograniczono sankcje finansowe o blisko 15 proc." – czytamy w raporcie NIK.