Choć wirus SARS-CoV-2 atakuje głównie płuca - na całym świecie przybywa obserwacji, które dają pewien obraz jego wpływu również na resztę organizmu, np. na mózg, serce, nerki, układ odpornościowy czy krwionośny.
Większość spośród milionów osób zakażonych SARS-CoV-2 ma tylko łagodne objawy albo infekcja przebiega u nich bezobjawowo. Jednak u setek tysięcy choroba ma ciężki, powikłany przebieg. "Nigdy wcześniej nie widzieliśmy niczego podobnego" - tak (według BBC) brzmi zdanie, najczęściej powtarzane przez brytyjskich lekarzy, opiekujących się ciężko chorymi na COVID-19.
Informacje docierające na początku pandemii pozwalały sądzić, że wirus atakujący drogi oddechowe ograniczy się do wywoływania zapalenia płuc, podobnego do grypy. Tymczasem COVID-19 wydaje się chorobą wieloukładową, atakującą różne tkanki i narządy, jak gruźlica czy borelioza. Jednak w odróżnieniu od znanych chorób wieloukładowych nie ma opartych na stuleciach doświadczeń podręczników, które opisywałyby właściwe leczenie. Pojawiają się pojedyncze doniesienia o lekach czy terapiach, które pomogły choremu lub nie. Jednak aby zdobyć rzetelną wiedzę, konieczne są szeroko zakrojone i długotrwałe badania kliniczne. Trwają dziesiątki, jeśli nie setki takich badań, prowadzonych w wielu krajach.
Gdy koronawirus wywoła zapalenie płuc, powoduje trudności z oddychaniem, co prowadzi do niedotlenienia pozostałych narządów i tkanek. Jeśli organizmowi nie uda się zwalczyć zapalenia płuc, może ono być śmiertelne - w istocie jest to główna przyczyna zgonów związanych z COVID-19. Ale niedotlenienie nie jest jedynym problemem. Co więcej, współistniejące choroby układu oddechowego w rodzaju astmy nie są dla pacjentów tak poważnym czynnikiem ryzyka, jak się obawiano. Groźniejsze okazały się choroby wpływające na stan naczyń krwionośnych – podwyższone ciśnienie tętnicze, cukrzyca i choroby serca. Częściej umierają mężczyźni, osoby otyłe, a zwłaszcza starsze. Według danych Intensive Care National Audit and Research Centre ponad 70 proc. pacjentów przyjmowanych na oddziały intensywnej opieki medycznej w Anglii, Walii i Irlandii Północnej stanowili mężczyźni, a odsetek osób z nadwagą i otyłych także przekraczał 70 proc. Ponad dwie trzecie zmarłych na oddziałach intensywnej opieki stanowiły osoby powyżej 60. roku życia.
Nie wiadomo jednak, dlaczego niektórzy 70–latkowie trafiają do szpitala „tylko” z niewydolnością oddechową i wystarczy im niewielka pomoc respiratora, podczas gdy zdarzają się dwudziestolatkowie, u których szybko rozwija się wielonarządowa niewydolność. Jako że Afroamerykanie i Azjaci wydają się bardziej wrażliwi na wirusa od Europejczyków, wielu lekarzy przypuszcza, że w grę mogą wchodzić czynniki genetyczne. Nie ma na to jednak twardych dowodów.