Instytut Jagielloński uważa, że cel jest właściwy, natomiast uważa, że  nowa matryca chociaż usuwa część problemów, to równocześnie tworzy nowe nieścisłości - Dodatkowo, uproszczenie systemu podatkowego odbywa się w sposób technokratyczny, bez uwzględnienia rzeczywistości gospodarczej. W założeniach ministerstwa nowa matryca ma być neutralna zarówno dla budżetu państwa, jak i dla ceny koszyków dóbr większości konsumentów. W praktyce oznacza to, że obniżkom niektórych stawek towarzyszą wyrównujące podwyżki na inne dobra. Dla przykładu, niższym 5% VAT objęte będą chipsy i słone przekąski, produkowane przez zagraniczne koncerny, a podwyżką do 23% napoje owocowe o wysokiej zawartości soku, które w większości produkowane są z polskich surowców przez polskie firmy - napisano. 

Instytut uważa, że  konsekwencją takiego działania będzie wzrost cen napojów owocowych oraz zmniejszenie zawartości soku w ich składzie - To z kolei spowoduje ograniczenie rynku wewnętrznego dla sadowników i problemy na polskiej wsi. Badania konsumenckie przeprowadzone na innych rynkach wskazują na wzrost sprzedaży napojów gazowanych i sztucznych napojów słodzonych, jako skutek podwyżki cen napojów owocowych. To kolejny przejaw tego, jak nowa matryca VAT może służyć zagranicznym koncernom, a nie polskim firmom - twierdzi instytut. 

Zauważono także, że obecny system VAT jest uznawany za pełen absurdów i zbyt skomplikowany. - Niezrozumiałe zróżnicowanie stawek pomiędzy podobnymi artykułami stanowi duży  problem  dla przedsiębiorców,  a  ich  działalność  dodatkowo  komplikują  sprzeczne orzeczenia organów skarbowych - podkreślono. 

– Pod koniec zeszłego roku MF zaproponowało nową matrycę podatku VAT, która miała uporać się z większością  dotychczasowych stawek VAT. W założeniach autorów projektu, zmiany w VAT miały teoretycznie pozostać neutralne budżetowo –co oznacza, że w ramach ujednolicenia część stawek miała zostać podniesiona, a część obniżona. Tak usuwając absurdy, ministerstwo miało zbilansować matrycę, niestety ta część nowelizacji została potraktowana zadaniowo i próbując zrównoważyć utratę wpływów w związku z obniżką stawek na niektóre produkty, ministerstwo stworzyło  nowe  absurdy.  Dla  przykładu,  wymienione  powyżej stawki  dla  chipsów ziemniaczanych i kukurydzianych zostały obniżone do tej samej stawki 5%, poprzez  uznanie ich za wyroby piekarnicze. Tym samym smażony ziemniak czy pulpa kukurydziana uzyskały identyczny status jak chleb, będący produktem pierwszej potrzeby - napisano.