W wyniku zanieczyszczenia rzeki obniżył się także poziom tlenu rozpuszczonego w wodzie poniżej granicy dobrego stanu.

Wody Polskie poinformowały, że do momentu zatrzymania awaryjnego zrzutu nieoczyszczonych ścieków do Wisły w związku z kolejną awarią systemu przesyłającego ścieki do oczyszczalni "Czajka" w Warszawie, w okresie od 29 sierpnia do 22 września do Wisły dostało się ponad 5 mld litrów ścieków oraz setki ton biogenów, w tym blisko 300 t azotu i ponad 30 t fosforu.

W ocenie Wód Polskich, w wyniku awarii „cenne i chronione obszary zostały skażone ściekami surowymi komunalnymi”, czyli mieszaniną ścieków bytowych i przemysłowych, pochodzących zarówno z biurowców, szpitali, jak i różnych przedsiębiorstw. Ścieki mogą zawierać w sobie również metale ciężkie, detergenty i różne substancje, które w normalnej sytuacji zostałyby oczyszczone i strącone w procesie doczyszczania chemicznego.

- Wielkość ładunku ścieków oraz ich czas ekspozycji mogą mieć wpływ na miejsca występowania ptaków czy ryb (np. chronionej prawnie różanki). W wyniku zrzutu tworzyły się zastoiska beztlenowe z ogromną ilością biogenów. Bardzo dużo innych obszarów zostało w ten sposób zanieczyszczonych, m.in. dolina Dolnej Wisły, Dolna Wisła Nieszawska, Kampinoski Park Narodowy czy Chełmiński Park Krajobrazowy – czytamy w opracowaniu przekazanym PAP.

W ekspertyzie Wód Polskich wskazuje się, że zrzut nieoczyszczonych ścieków do Wisły w Warszawie najsilniej oddziaływał na ekosystem rzeki w strefie mieszania, czyli obszarze w obrębie którego ścieki rozcieńczają się w wodzie. Strefa mieszania rozciągała się aż przez 5 km od miejsca awarii, wzdłuż lewego brzegu Wisły. Skala wpływu na ekosystem rzeki zależy wprost od stężenia i czasu ekspozycji na zanieczyszczenia.

Wody Polskie wyjaśniły, że "wewnątrz strefy mieszania stężenia poszczególnych substancji, w tym biogenów (azot ogólny i fosfor ogólny), mogą osiągać bardzo wysokie wartości i stanowić śmiertelne zagrożenie dla żyjących tam ryb, nawet w przypadku krótkiej ekspozycji".

Rakotwórcze metale ciężkie, które trafiły do wody są wchłaniane przez rośliny, które z kolei są zjadane przez ryby. Natomiast ryby z niekorzystnymi pierwiastkami są zjadane przez ludzi. W każdym z ogniw tego łańcucha dokonuje się niebezpieczny proces bioakumulacji. Metale ciężkie są również niebezpieczne, gdyż przesiąkają przez piaszczyste dno i mogą docierać do podziemnych ujęć wody pitnej.

W materiale przygotowany przez Wody Polskie zwrócono uwagę, że "w obszarze, na którym zanieczyszczenia nie zmieszały się jeszcze z głównym nurtem, najważniejszym parametrem był azotan amonowy, który najsilniej wpływa na ryby, chociaż sam w sobie nie jest groźny".

Na podstawie danych z 15 września wykazano, że ilość tlenu rozpuszczonego w Wiśle w badanych miejscach wynosiła 6,9 mg/l, czyli poniżej granicy dobrego stanu, świadcząc o niekorzystnych warunkach tlenowych, utrzymujących się na badanych odcinkach Wisły.

Prezydent Warszawy Rafał Trzaskowski podkreślał wielokrotnie w czasie, kiedy zrzucano ścieki, że w celu poprawy warunków tlenowych oraz dezynfekcji zrzucanych ścieków, MPWiK zastosował 3 ozonatory, umożliwiające wprowadzenie 610 g ozonu do ścieków na godzinę.

- Ozonowanie ścieków surowych nie jest tożsame z procesem ich oczyszczania. Prowadzi jedynie do zabicia drobnoustrojów i w normalnych warunkach stosowane jest w końcowych etapach oczyszczania ścieków, a sam proces ozonowania ścieków surowych może prowadzić do powstania toksycznych i mutagennych produktów utleniania szkodliwych dla ludzi i organizmów wodnych – oceniły Wody Polskie.