Pierwszy zanotowany cud Ojca Pio wydarzył się w roku 1908. Mieszkał w tym czasie w klasztorze Montefusco. Jednego dnia Ojciec Pio zebrał w pobliskim lesie kasztany do torby i wysłał w prezencie do Pietrelcina do jego cioci Darii. Kobieta otrzymała kasztany, zjadła je, a torbę zatrzymała na pamiątkę. Kilka dni później szukała czegoś w szufladzie gdzie jej mąż zwykle trzymał proch do pistoletu. Był wieczór więc oświetlała sobie pokój świeczką. Nagle szuflada zapaliła się od świeczki, a od niej ciocia Daria. Szybko złapała torbę którą przesłał jej Ojciec Pio i przyłożyła do twarzy. Momentalnie, ból zniknął, a żadnych ran, blizn i poparzeń nie pozostało na jej twarzy. 

Podczas drugiej wojny światowej, we Włoszech, racjonowano chleb. W Ojca Pio klasztorze bywało dużo gości oraz biednych którzy żebrali o jedzenie. Jednego dnia zakonnicy poszli do refektarza i zauważyli że w koszyku był tylko 1 kilogram chleba. Bracia pomodlili się i siedli żeby się posilić. Ojciec Pio wszedł do kościoła, a wychodząc po chwili, niósł kilka bochenków chleba w rękach. Przełożony zapytał Ojca Pio: „Skąd wziąłeś te bochenki?” Ojciec Pio odpowiedział: „Pielgrzym przy drzwiach mi je dał.” Wszyscy milczeli, ale każdy wiedział że tylko Ojciec Pio mógł spotkać takiego pielgrzyma.

Raz w klasztorze Ojca Pio, zakonnik zapomniał konsekrować wystarczająco Hostii na Komunię Świętą. Z tego też powodu była ich mała ilość do rozdania. Ale gdy po spowiedzi Ojciec Pio udzielał Komunii, dużo więcej Hostii pozostało niż było konsekrowanych.

Duchowna córka Ojca Pio czytała jego list przy drodze. Wiatr powiał i wyrwał jej list z rąk. List leciał i leciał w dół drogi, przez łąkę aż wreszcie opadł na kamieniu. W ten sposób kobieta odzyskała list. Dzień później, spotkała Ojca Pio który jej rzekł, „Musisz uważać na wiatr następnym razem. Gdybym nie przytrzymał listu moją nogą, odleciałby daleko w dolinę.”

Pani Cleonice, córka kościoła Ojca Pio, opowiadała: „Podczas drugiej wojny światowej mój siostrzeniec trafił do niewoli. Nie mieliśmy żadnych wieści o nim przez rok i zaczęliśmy obawiać się, że nie żyje. Jednego dnia matka tego chłopca wybrała się do Ojca Pio, uklękła przed jego konfesjonałem i zrozpaczona rzekła doń: „Ojcze, powiedz mi, czy mój syn żyje. Nie odejdę stąd, dopóki nie otrzymam od Ciebie odpowiedzi.” Ojciec Pio współczuł jej serdecznie i ze łzami w oczach powiedział: „Wstań i idź w pokoju, niewiasto.” W kilka dni później, nie mogąc znieść już cierpienia jego rodziców, zdecydowałam sama poprosić Ojca Pio o cud. „Ojcze, napiszę list do mojego siostrzeńca Giovannino. Na kopercie napiszę tylko jego imię i nazwisko, bowiem nie wiemy gdzie obecnie się znajduje. A Ty i Twój Anioł Stróż znajdą go i sprawią, że ten list zostanie mu doręczony.” Ojciec Pio nic nie odpowiedział więc ja szybko wzięłam się za pisanie listu. Wieczorem, przed pójsciem spać położyłam go na stoliku, koło łóżka. Następnego ranka, ku mojemu wielkiemu zdumieniu i przerażeniu list zniknął. Udałam się więc do Ojca Pio aby złożyć mu dzięki lecz on powiedział: „Złóż dzięki Naszej Pani.” Po niecałych dwóch tygodniach otrzymaliśmy odpowiedź od mojego siostrzeńca. Szczęście spłynęło na całą naszą rodzinę i z głębi serca dziękowaliśmy Bogu i Ojcu Pio.

Podczas drugiej wojny światowej syn pani Luizy służył w brytyjskiej marynarce wojennej w randze oficera. Modliła się ona wtedy za niego, za przyjęcie przez niego Wiary i za jego Zbawienie. Pewnego dnia angielski pielgrzym zawitał do Rotundy San Giovanni niosąc ze sobą angielskie gazety. Luiza chciała je przeczytać. Znalazła fragment artykułu o zatopieniu statku, na którym służył jej syn. Natychmiast pobiegła z płaczem do Ojca Pio, który pocieszając ją, mówił: „Któż Ci powiedział, że Twój syn nie żyje?” Istotnie, Ojciec Pio podał jej dokładną nazwę i adres hotelu, w którym zatrzymał się ów oficer po ocaleniu się z wraku na Atlantyku. Czekał on tam na zlecenie nowego zadania. Luiza nie zwlekając wysłała do syna list i po około dwóch tygodniach dostała od niego odpowiedź. Żył i był zdrowy.

Pewna kobieta w Rotundzie San Giovanni była takim dobrym człowiekiem, że Ojciec Pio twierdził, iż niemożliwością byłoby znaleźć najmniejszą skazę w jej duszy, wymagającą wybaczenia. Innymi słowy, całe jej życie prostą drogą prowadziło do nieba. Pod koniec Wielkiego Postu Paolina poważnie zachorowała. Wszyscy wzywani doktorzy zgodnie twierdzili, że jej stan jest beznadziejny. Jej mąż i ich pięcioro dzieci udali się do klasztoru aby modlić się z Ojcem Pio i prosić go o pomoc. Dwoje z dzieci chwyciło jego sutannę i wtulając w nią twarze, płakało. Ojciec Pio rozgniewał się trochę ale zaraz starał się je pocieszyć. Obiecał, że będzie modlić się za nich, ale to wszystko, co może dla nich zrobić! Po czasie, na początku Siódmej Godziny, zachowanie czcigodnego Ojca uległo zmianie: poprosił o uzdrowienie Paoliny i oznajmił, iż jej wskrzeszenie nastąpi w Wielki Poniedziałek. Lecz w Wielki Piątek Paolina straciła przytomność, zapadając w śpiączkę. Następnego dnia, w Sobotę, zmarła. Część jej rodziny przyniosła jej suknię ślubną aby ubrać w nią zmarłą, zgodnie z tradycją. Inni z kolei pobiegli do klasztoru prosić Ojca Pio o cud. Odpowiedział im tylko: „Będzie wskrzeszona” i odszedł w stronę ołtarza odprawiać Mszę Świętą. Kiedy zaczął śpiewać „Gloria” i rozległ się dźwięk dzwonków obwieszczający zmartwychwstanie Chrystusa, głos Ojca Pio załamał się; zaczął szlochać i oczy jego wypełniły się łzami. W tym samym momencie Paolina została wskrzeszona. Bez żadnej pomocy wstała z łóżka, uklękła i odmówiła Pacierz trzy razy. Potem wstała i uśmiechnęła się. A więc została uzdrowiona... a raczej wskrzeszona. Albowiem Ojciec Pio nie powiedział, że „wróci ona do zdrowia”, lecz że „zostanie wskrzeszona”. A zapytana o to, co się stało kiedy umarła, odpowiedziała: „Wznosiłam się w górę, wyżej i wyżej, i kiedy otoczyła mnie wspaniała jasność, wróciłam z powrotem.”

Pewna kobieta powiedziała: „Moja pierworodna córka, która urodziła się w 1953. roku, została uratowana przez Ojca Pio kiedy miała osiemnaście miesięcy. Rankiem 6. stycznia 1955. roku mój mąż i ja byliśmy w kościele na mszy świętej, a nasza córka była w domu z dziadkiem. Nastąpił wypadek: wpadła do wanny pełnej wrzątku. Została poparzona na brzuchu i plecach. Po godzinie przyszedł lekarz, obejrzał ją i kazał zabrać do szpitala, gdyż mogła umrzeć od ran oparzeniowych. Z tego powodu nie dał nam żadnych lekarstw. Po wyjściu doktora zaczęłam modlić się o pomoc Ojca Pio. Było już prawie południe. Kiedy przygotowywałam się do pójścia do szpitala, moja córeczka, która była sama w swojej sypialni zawołała: „Mamusiu, nie mam już oparzeń!” „Kto uleczył Twoje rany?” spytałam ją z wielkim zdumieniem, a ona odpowiedziała: „Ojciec Pio przyszedł. Zasklepił moje rany kładąc swą rękę na poparzeniach.” Istotnie, nie było nawet śladu na ciele mojej córeczki, mimo że lekarz dopiero co powiedział mi, że umrze.

Wieśniacy Rotundy San Giovanni z czułością wspominają to następujące zdarzenie. Wiosną drzewa migdałowe zakwitły i obiecywały obfite plony. Lecz niestety pojawiły się miliony żarłocznych gąsienic i pożarły liście i kwiaty. Nie oszczędziły nawet skorup. Po dwóch dniach nieudanych prób opanowania inwazji, wieśniacy dla których hodowla migdałów była jedynym źródłem utrzymania zdecydowali się porozmawiać o tym problemie z Ojcem Pio. Ojciec Pio popatrzył na drzewa z okien swojego klasztoru i zdecydował się je pobłogosławić. Nałożył święte szaty i począł się modlić. Kiedy skończył, wziął wodę święconą i uczynił w powietrzu znak Krzyża Świętego w stronę drzew. Następnego dnia gąsienice znikły ale drzewa wyglądały jak zeschnięte badyle. To była istna katastrofa – całe plony zostały zmarnowane. To co wydarzyło się później było niewiarygodne. Mieliśmy obfite plony, plony, jakich nigdy przedtem nie widzieliśmy, lecz jak to jest możliwe, żeby drzewa zaowocowały bez kwiatów? Jak można otrzymać owoce z drzew wyglądających jak zeschnięte badyle? Naukowcy nigdy nie znaleźli odpowiedzi na ten fenomen.

W ogrodzie klasztornym rosły cyprysowe, owocowe i iglaste drzewa. W letnie popołudnia Ojciec Pio zasiadywał w ich cieniu ze swymi gośćmi i przyjaciółmi aby schronić się przed skwarem słońca. Pewnego razu, kiedy Ojciec Pio rozmawiał z dużą grupą ludzi, całe mnóstwo ptaków zaczęło ćwierkać i hałasować w cieniu drzew. Ptaki te skomponowały symfonię. Ojciec Pio zniecierpliwiony symfonią zadarł głowę i powiedział: „Cisza!” W tym momencie zamarł hałas ptaków, świerszczy i cykad. Ludzie obecni przy nim byli wielce oszołomieni. Ojciec Pio przemówił do ptaków jak Święty Franciszek.

Pewien mężczyzna powiedział: „Moja matka pochodzi z Foggi i była jedną z pierwszych córek kościoła Ojca Pio. Poprosiła aby Ojciec Pio nawrócił i chronił mojego ojca. W kwietniu 1945. roku mój ojciec został skazany na karę śmierci, która miała być wykonana przez pluton egzekucyjny. Był przed plutonem kiedy nagle ujrzał Ojca Pio, który zjawił się, żeby go ocalić. Dowodzący plutonem wydał rozkaz oddania ognia ale żaden z karabinów wymierzonych w mojego ojca nie wystrzelił. Siedmiu żołnierzy i ich dowódca z niedowierzaniem sprawdzili swą broń lecz nie znaleźli w niej żadnych usterek. Pluton znów wymierzył w mojego ojca i próbował oddać strzały po raz drugi lecz i tym razem karabiny nie wystrzeliły. To tajemnicze i niewytłumaczalne zajście przerwało egzekucję. Później mój ojciec otrzymał ułaskawienie od kary śmierci za zasługi w wojnie, za które otrzymał medal i gdzie również został kaleką. Po powrocie do domu przeszedł na wiarę katolicką, otrzymał sakrament w Rotundzie San Giovanni i poszedł złożyć dzięki Ojcu Pio. Dzięki temu spełnił się upragniony przez moją matkę cud, o który zawsze prosiła Ojca Pio: nawrócenie jej męża.”

Ojciec Onorato opowiadał: „Przyjechaliśmy razem z moim kolegą motocyklem do Rotundy San Giovanni. Dotarliśmy do klasztoru tuż przed południem. Po oddaniu hołdu przełożonemu udałem się do sali jadalnej aby spotkać się z Ojcem Pio i pocałować jego rękę. Muszę zauważyć, że mój motor był marki „Osa”, Ojciec Pio spytał się mnie więc: „Synu, czy ‘osa’ Cię nie ukąsiła?” Byłem tym zdziwiony, ponieważ Ojciec Pio nie widział mnie kiedy zajechałem, ale skądś wiedział jakiego środku transportu użyłem aby się tu dostać. Następnego ranka opuściliśmy Rotunde na mojej „Osie” udając się w stronę St. Michel, małego miasteczka położonego nieopodal. Kończyła się benzyna więc postanowiliśmy napełnić bak w Monte St. Angelo. Jednakże tuż po wjeździe do miasteczka okazało się, że mamy pecha, gdyż wszystkie stacje były zamknięte. Zdecydowaliśmy się więc wrócić do Rotundy San Giovanni z nadzieją, że spotkamy po drodze kogoś, od kogo będziemy mogli dostać paliwo. Martwiłem się moimi braćmi w klasztorze; byłoby niewdzięcznością nie wrócić na czas południowego posiłku, gdyż wiedziałem, ze mnie oczekują. Nagle silnik zaczął hałasować z powodu niedostatku benzyny i po kilku metrach motor stanął. Po sprawdzeniu baku okazało się, że jest pusty. Ze smutkiem przypomniałem mojemu koledze, że zostało nam już tylko dziesięć minut, żeby zdążyć na wspólny posiłek z naszymi braćmi. Nie byliśmy w stanie znaleźć żadnego rozwiązania i wtedy mój kolega z frustracją pchnął nogą korbę od rozrusznika. To było nie do uwierzenia. Motor nagle zaczął działać. Natychmiast ruszyliśmy w stronę Rotundy San Giovanni nie zadając sobie pytania jak to było możliwe, że uruchomiliśmy motocykl bez paliwa. Kiedy dojechaliśmy na środek placu motor znów przestał działać, tak samo nagle, jak zaczął. Sprawdziliśmy bak i okazało się, że był tak samo pusty jak przedtem. Równie wielkie zdumienie ogarnęło nas, kiedy spojrzeliśmy na zegarki: było dziesięć minut przed czasem posiłku. To oznaczało, ze przejechaliśmy piętnaście kilometrów w pięć minut: średnio 180 kilometrów na godzinę. Bez benzyny! Wszedłem do klasztoru akurat wtedy, kiedy moi bracia schodzili na posiłek; a kiedy poszedłem zobaczyć się z Ojcem Pio, on tylko mi sie przyglądał i uśmiechał.

Był maj 1925. roku. Maria miała małe dziecko, które było chore od urodzenia. W związku z tym Maria była bardzo zatroskana o los swojego dziecka. Po wizycie lekarskiej powiedziano jej, że jej dziecko ma bardzo skomplikowaną chorobę. Nie było dla niej żadnej nadziei, żadnych szans na wyzdrowienie. Wtedy Maria zdecydowała się pojechać pociągiem do Rotundy San Giovanni. Mimo że mieszkała w maleńkiej miejscowości na południu Puglii (biedny rejon południowych Włoch), dotarły do niej opowieści o Ojcu Pio, o zakonniku, który był znamienny jak Jezus, czynił cuda, uzdrawiał chorych i dawał nadzieję zdesperowanym. Natychmiast wyjechała w stronę Rotundy, lecz po drodze dziecko zmarło. Czuwała przy nim całą noc a potem położyła do kufra i zamknęła wieko. Następnego dnia dotarła do Rotundy San Giovanni. Nie miała nadziei lecz nie utraciła wiary. Tego wieczora poznała Ojca Pio. Czekała w kolejce do konfesjonału i niosła na rękach kufer, gdzie znajdowało sie ciało jej synka, który zmarł dwadzieścia cztery godziny wcześniej. Kiedy stanęła przed Ojcem Pio, uklękła, zapłakała i błagała o pomoc. On przypatrywał się jej uważnie i wtedy ona uchyliła wieko i pokazała Ojcu zwłoki dziecka. Ojciec Pio, do głębi serca poruszony jej żalem, wziął maleńkie ciałko jej synka i położył na jego czole swą dłoń. Modlił się, zadzierając głowę do Nieba. Nagle dziecko ożyło. Zaczęło ruszać rączkami, nóżkami i wyglądało tak, jakby dopiero co przebudziło się z długiego snu. Zwracając się do matki, Ojciec Pio rzekł: „Matko, czemu płaczesz? Twój syn spał!” Okrzyki radości matki i zebranych wypełniły cały kościół i wydarzenia tego dnia i cudu, jaki uczynił Ojciec Pio były na ustach wszystkich.

Tego wieczora inżynier pozostał długo w klasztorze i kiedy zdecydował się wyjść zobaczył, że pada deszcz. Zwrócił się do Ojca Pio: “Nie mam parasola. Czy mogę zostać tutaj do rana? Bo jeśli nie to zmoknę na deszczu.” “Przykro mi przyjacielu, to jest niemożliwe. Ale nie martw się. Dotrzymam tobie towarzystwa.” Odpowiedział Ojciec Pio. Ale inżynier pomyślał, że byłoby lepiej dla Ojca Pio gdyby nie odbywał tej pokuty. Pomyślał tak pomimo, że byłoby bardziej bezpiecznie iść w jego towarzystwie. Inżynier włożył na głowę kapelusz i zaczął iść 3 kilometry dzielące klasztor od miasta. W momencie, gdy wyszedł zauważył ze zdziwieniem, że przestało padać.Kiedy dotarł do domu w którym gościł jeszcze trochę siąpiło. “Mój Boże!” wykrzyknęła kobieta, która otworzyła mu drzwi “Musisz być zupełnie przemoczony!” “Wcale nie.” Odparł inżynier “Przecież nie pada.” W tym momencie chłopi, którzy go gościli popatrzyli na siebie ze zdziwieniem. “Co ty mówisz? Przestało padać. Leje deszcz. Posłuchaj!” Otworzyli drzwi, na zewnątrz padał gęsty deszcz. Powiedzieli mu, że deszcz padało bez przerwy przez godzinę. “Jak tobie się udało dojść tutaj i nie zmoknąć?” zapytali. Inżynier powiedział: “Ojciec Pio powiedział mi, że będzie mi towarzyszył.” Wtedy chłopi uświadomili sobie, że Ojciec Pio sprawił cud i powiedzieli mu o tym. “No to wszystko jest jasne, jeśli Ojciec Pio tak tobie powiedział.” Po wyjaśnieniu zdarzenia poszli do kuchni zjeść obiad i wtedy kobieta powiedziała: “Towarzystwo Ojca Pio jest z pewnością lepsze niż parasol”.

Człowiek z Ascoli Piceno (miasto we Włoszech) powiedział: “Pod koniec lat 50-tych pojechałem wraz z moją żoną do Saint Giovanni Rotondo, żeby pójść do spowiedzi, otrzymałem rozgrzeszenie, pokutę i poradę od Ojca Pio. Wieczorem byłem stale na terenie klasztoru, kiedy Ojciec Pio zobaczył mnie ponownie i zapytał: “Ciągle tu jesteś?” “Tak. Moja ”Mała Myszka” nie zapaliła!”