Jego proces rozpoczął się w 2009 r. Prokuratura oraz rodziny ofiar domagały się kary dożywotniego pozbawienia wolności. Oskarżony, który utrzymuje że jest niewinny, uciekał przed sprawiedliwością 13 lat. "Rzeźnika Bałkanów" ścigano dwoma listami gończymi, a za jego schwytanie wyznaczono nagrodę 5 milionów dolarów.

Haski trybunał uznał Karadżicia za winnego ludobójstwa w Srebrenicy. W lipcu 1995 r. bośniaccy Serbowie wymordowali tam blisko 8 tysięcy muzułmańskich mężczyzn i młodych chłopców wyznających islam. Karadżicia oczyszczono od drugiego zarzutu ludobójstwa, do którego miał doprowadzić w innych miastach w Bośni.

W trakcie wojny w Bośni i Hercegowinie w latach 1992–1995 zginęło ok. 100 tys. ludzi, a ponad dwa miliony straciły dach nad głową. Według oskarżycieli, Karadżić, generał Ratko Mladić oraz nieżyjący prezydent Serbii i Jugosławii Slobodan Miloszević są winni przeprowadzenia czystek etnicznych w Bośni po rozpadzie Jugosławii w latach 90.