W liście wysłanym do Polski Komisja Europejska uznała, że sprawa jest pilna i że proponuje rozmowy na poziomie eksperckim, by uniknąć zarzutów o upolitycznienie. Komisja zainteresowała się wycinką drzew. Ma też wątpliwości, czy przekop, jak argumentują polskie władze, będzie miał nieznaczny wpływ na chroniony obszar Natura 2000. Pyta również o szczegóły dotyczące budowy sztucznej wyspy na Zalewie Wiślanym.

Już wcześniej urzędnicy w Komisji mówili, że dla Brukseli to sprawa priorytetowa i że ma wątpliwości dotyczące całej inwestycji. Nie przekonują jej też wyjaśnienia z Warszawy wysłane w odpowiedzi w połowie miesiąca.

Eksperci Komisji zwrócili uwagę na różne uzasadnienia dla przekopu Mierzei Wiślanej. Najpierw Polska argumentowała to czynnikami społeczno-gospodarczymi, a później gwarancjami bezpieczeństwa państwa. To istotne, bo w przypadku tego drugiego tłumaczenia nie jest konieczna opinia środowiskowa.