Szczątki zostały odnalezione przez pracowników Zieleni Miejskiej, w trakcie prac rewitalizacyjnych przy Placu św. Ducha, gdzie ma powstać niewielki park. Stanie tam również dąb o średnicy 100 cm. To właśnie w miejscu przeznaczonym na drzewo dokonano niecodziennego odkrycia.

Dyrektor Zarządu Zieleni Miejskiej w Krakowie Piotr Kempf wyjaśnił, że "kości zostały odkopane na głębokości 20 centymetrów po zdjęciu płyty betonowej, wylanej ok. 120 lat temu".

W przeszłości na placu św. Ducha stał szpital, stąd też podczas prac rewitalizacyjnych ten teren objęty był nadzorem archeologicznym. Wojewódzka konserwator zabytków Monika Bogdanowska wyjaśniła, że w piątek odbędzie się tam spotkanie archeologów. 

Na cmentarzu od XVII w. chowano porzucone niemowlęta i małe dzieci. Groby najczęściej miały charakter zbiorowy, a zwłoki składane były w nich bez trumien. Cmentarz przestał pełnić swoją funkcję po likwidacji szpitala, jednak data jego zamknięcia nie jest znana; najpóźniej nastąpiło to na przełomie XVIII i XIX w.