Henryk Zając przeżył koszmar śledztwa z torturami wzorowanymi na sowieckich i gestapowskich metodach. 31 października 1951 roku Wojskowy Sąd Rejonowy w Gdańsku skazał go na dwanaście lat więzienia, na podstawie sfabrykowanych zarzutów. Oskarżono go o przekazywanie danych o stalowni Zakładów Mechanicznych im. gen. Karola Świerczewskiego w Elblągu, najpierw Zygmuntowi Zelkowi, reemigrantowi z Francji, a potem Jeanowi Bastardowi, rzekomemu szefowi siatki szpiegowskiej.

Ponad osiem miesięcy po wyroku, 6 lipca 1952 roku Henryka Zająca dosięgła śmierć. Naczelnik więzienia karno-śledczego kpt. Jerzy Groszewski w Gdańsku bezpodstawnie twierdził, że to samobójstwo.

- Była tylko lakoniczna notatka „gdy był sam w celi powiesił się". Nie badano tej sprawy, nawet nie przesłuchano strażnika, który notatkę służbową sporządził - podkreśla Grażyna Wosińska.

Wosińska rozmawiała ona z kolegą Henryka Zająca, który twierdził, że to było zabójstwo.

- Józef Olejniczak znał go dziecka. Obaj po pożarze hali Zakładów Mechanicznych im. gen. Karola Świerczewskiego zostali aresztowani, a potem na podstawie sfabrykowanych zarzutów skazani. Ujawnił mi, że jeden ze współwięźniów powiedział mu o Henryku: „Zabili wam kolegę" - opowiada autorka książki "Pożar i szpiedzy".

Henryk Zając służył w Marynarce Wojennej w latach 1944 i 1945. Kontradmirał Józef Unrug tak napisał w specjalnym dyplomie: „St. Mar. Zając Henryk spełnił swój obowiązek wobec Polski przez służbę w szeregach Polskich Sił Zbrojnych w latach drugiej wojny światowej".

Po latach, w 2021 roku, Zając został uroczyście pochowany w Kwaterze Pamięci na Cmentarzu Marynarki Wojennej w Gdyni-Oksywiu, m. in. dzięki IPN oddział Gdańsk.