Decyzję o umorzeniu trwającego od 2007 r. śledztwa Prokuratura Apelacyjna w Warszawie podjęła w grudniu 2013 r. Początkowo chciała ona zarzucić Macierewiczowi niedopełnienie obowiązków przy tworzeniu raportu i poświadczenie w nim nieprawdy oraz zniesławienie osób w nim wymienionych. Prokurator generalny Andrzej Seremet dwa razy zwracał jednak prokuraturze jej wniosek do Sejmu o uchylenie immunitetu posła PiS.

Decyzję o umorzeniu podjął nowy prokurator, po odejściu poprzednika, który występował o uchylenie immunitetu Macierewicza.

Podstawą umorzenia był brak znamion przestępstwa. Jak podkreśliła prokuratura, art. 231 Kodeksu karnego o karaniu do 3 lat więzienia za niedopełnienie obowiązków bądź ich przekroczenie odnosi się tylko do „funkcjonariusza publicznego”. Prokuratura twierdzi, że Macierewicz jako szef komisji weryfikacyjnej nie był takim funkcjonariuszem publicznym, bo był jedynie „osobą pełniącą funkcję publiczną”, zaś komisja weryfikacyjna nie była instytucją państwową, której szef podlega odpowiedzialności z art. 231 Kk, lecz „innym organem państwowym”, powołanym na mocy ustawy do załatwienia konkretnej sprawy.

Według prokuratury nie można też uznać, by raport był „dokumentem” w myśl art. 271 Kk. Stanowi on, że „funkcjonariusz publiczny lub inna osoba uprawniona do wystawienia dokumentu, która poświadcza w nim nieprawdę co do okoliczności mającej znaczenie prawne, podlega karze pozbawienia wolności od 3 miesięcy do lat 5”. Według PA raport „nie rodzi skutków prawnych, poza ewentualnym naruszeniem czci lub dobrego imienia wymienionych w nim osób”.

Decyzję o umorzeniu śledztwa prokuratura rozesłała do 32 podmiotów, które miały prawo ją zaskarżyć. Do prokuratury wpłynęło około 20 zażaleń, w większości od osób fizycznych, m.in. byłego agenta cywilnego i wojskowego wywiadu RP Aleksandra Makowskiego, ale m.in. także ABW, według której Macierewicz powinien odpowiedzieć za ujawnienie w raporcie osób współpracujących niejawnie z cywilnymi służbami specjalnymi. Postanowienie wysłano też do Agencji Wywiadu, służb wywiadu i kontrwywiadu wojskowego, a także ITI oraz Polsatu.

Zażalenia trafiły do Sądu Okręgowego w Warszawie, bo prokurator prowadzący śledztwo ich nie uwzględnił.

W 2012 r. umorzono wątek tego śledztwa wobec 23 byłych członków komisji weryfikacyjnej. Uznano, że nie można im zarzucić niedopełnienia obowiązków przez nieweryfikowanie danych zdobytych w toku weryfikacji – bo nie mieli oni statusu funkcjonariuszy publicznych, a status taki miał tylko szef komisji.

Stołeczny sąd, który w 2013 r. utrzymał umorzenie tego śledztwa, uznał, że choć w raporcie znalazły się informacje nieprawdziwe, to jednak członków komisji nie można uznać za funkcjonariuszy publicznych, którzy byliby autorami raportu. Jak dodała sędzia Magdalena Zając-Prawica, za autora tego dokumentu można uznać jedynie Macierewicza.

W lutym 2007 r. prezydent Lech Kaczyński upublicznił sygnowany przez Macierewicza raport z weryfikacji WSI, które rządzące wówczas PiS zlikwidowało, zarzucając im wiele nieprawidłowości, m.in. brak weryfikacji z lat PRL, tolerowanie szpiegostwa na rzecz Rosji, udział w aferze FOZZ, nielegalny handel bronią. Na podstawie raportu wszczęto kilka śledztw w sprawie przestępstw WSI; większość umorzono.

Osoby wymienione w raporcie jako agenci wytoczyły MON ponad 20 procesów. MON przeprosiło już większość z nich, kwota kosztów z tego tytułu przekroczyła 1,2 mln zł.

Na wniosek tych osób prokuratura w październiku 2007 r. wszczęła śledztwo ws. „podejrzenia popełnienia przestępstwa przez członków komisji weryfikacyjnej, polegającego na niedopełnieniu ciążących na nich obowiązków rzetelnej weryfikacji prawdziwości danych zebranych w toku postępowania likwidacyjnego WSI i dopuszczenia do zamieszczenia w raporcie nieprawdziwych danych pochodzących z niewiarygodnych źródeł, dotyczących osób fizycznych i podmiotów gospodarczych, co stanowiło działanie na szkodę interesu prywatnego tych osób i podmiotów”.

Macierewicz wiele razy podtrzymywał swe wypowiedzi co do raportu i mówił, że jego ustalenia są oparte na dokumentach WSI i ustaleniach komisji weryfikacyjnej. Wnioski o uchylenie immunitetu uznawał za działanie polityczne, które łączył z tym, że „w sprawie smoleńskiej udowodniono matactwo” (Macierewicz jest szefem parlamentarnego zespołu ds. wyjaśnienia przyczyn katastrofy smoleńskiej).

Wygrywał on procesy wytaczane mu za raport, choć sąd nakazał mu przeprosić szefów ITI za słowa o związkach tej spółki z wojskowymi służbami specjalnymi PRL i o finansowaniu jej ze środków FOZZ. Macierewicz przegrał też cywilny proces z b. szefem WSI gen. Markiem Dukaczewskim.

W 2008 r. Trybunał Konstytucyjny uznał za sprzeczne z konstytucją m.in. pozbawienie osób z raportu prawa do wysłuchania przez komisję przed ujawnieniem dokumentu, prawa dostępu do akt sprawy oraz odwołania do sądu od decyzji o umieszczeniu w raporcie. Po tym prezydent Kaczyński zdecydował nie ujawniać przygotowanego przez Macierewicza aneksu do raportu.