„Mój Brat wiele wycierpiał z mojego powodu, choć nie z mojej winy” – dopisał Michnik, żegnając przyrodniego brata.

Prokurator IPN uznał, że kapitan Michnik – funkcjonariusz państwa komunistycznego – asesor Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie w okresie od 27 marca 1951 roku do 20 listopada 1953 roku, działając w strukturach systemu państwa totalitarnego posługującego się na wielką skalę terrorem dla celów politycznych i społecznych, złamał prawo. Choć był zobowiązany do zgodnego z ówczesnymi przepisami przedłużania tymczasowego aresztowania na czas powyżej sześciu miesięcy, nie dopełniał obowiązków co do sądowej kontroli zasadności i terminowości podejmowanych czynności procesowych.

Według IPN „Stefan Michnik – wspólnie i w porozumieniu z innymi osobami – brał udział w represjonowaniu pokrzywdzonych z powodu ich działalności na rzecz niepodległego Państwa Polskiego i sankcjonował kontynuację bezprawnego pozbawiania ich wolności poprzez tymczasowe aresztowanie bez formalnego tytułu prawnego”.

W 2010 roku Stefan Michnik przestał odbierać kierowaną do niego korespondencję z Instytutu Pamięci Narodowej.