Był 19 października 1984 roku. Wtedy to, przebywając w Bydgoszczy, ks. Jerzy, mimo złego samopoczucia, odprawił Mszę świętą i poprowadził piękne rozważania różańcowe, które zakończył słowami: "Módlmy się, byśmy byli wolni od lęku, zastraszania, ale przede wszystkim od żądzy odwetu i przemocy".

Po nich wyruszył do Warszawy w – jak się później okazało – swoją ostatnią drogę.

Samochód ks. Jerzego został zatrzymany przez funkcjonariuszy SB, ubranych w mundury milicjantów ruchu drogowego.

Grzegorz Piotrowski i Waldemar Chmielewski chwyciwszy kapłana za rękawy sutanny wyciągnęli go z samochodu, uderzeniem w głowę ogłuszyli, zakneblowali i wsadzili do bagażnika. Według zeznać oprawców ks. Jerzy miał związane ręce i nogi, usta zakneblowane kawałkiem ręcznika i zalepione plastrem dwukrotnie owiniętym wokół głowy. W czasie tortur założono mu wokół szyi sznurek, którego końce związane były na podkurczonych z tyłu nogach. Kiedy duchowny próbował się wyprostować, pętla na szyi zaciskała się... Do nóg księdza oprawcy przywiązali około 11 kilogramowy worek z kamieniami. Bili go do nieprzytomności, aż w końcu wrzucili do Zalewu Wiślanego na tamie pod Włocławkiem.

Śmierć ks. Jerzego była ogromnym ciosem dla wiernych tak licznie przybywających na Jego Msze za Ojczyznę i dla osieroconych robotników. Uroczystości pogrzebowe przerodziły się w wielką manifestację patriotyczną, a pamięć o ks. Jerzym, dziś błogosławionym, nie zagasła do dziś.

Ks. Jerzy Popiełuszko 6 czerwca 2010 roku został beatyfikowany przez papieża Benedykta XVI.

Dziś, w warszawskim kościele pod wezwaniem świętego Stanisława Kostki. odbędą się uroczystości rocznicowe. Mszę św. odprawi metropolita warszawski ksiądz kardynał Kazimierz Nycz.

To w tym kościele, od lutego 1982 roku, w kościele św. raz w miesiącu ksiądz Jerzy celebrował msze święte za Ojczyznę. Stały się one wydarzeniami religijno-patriotycznymi, skupiającymi ogromne rzesze słuchaczy. Przychodzili tam nie tylko ludzie wierzący, ale i wszyscy ci, dla których losy Ojczyzny wiązały się z wiarą chrześcijańską. W głoszonych homiliach często powoływał się na słowa kardynała Wyszyńskiego i papieża Jana Pawła II.