Jego mumię odnaleziono w XIX wieku. Kiedy badano ją rentgenem w latach 60. ubiegłego wieku, odkryto ślady wielu ran na czaszce. Co najmniej cztery z nich były śmiertelne. Archeolodzy twierdzili wtedy, że faraon zginął na polu bitwy. Być może otoczony był przez wrogów na pierwszej linii frontu. Ciało zostało pospiesznie zabalsamowane i pochowane w Tebach.

Badania przeprowadzone przy pomocy nowoczesnej tomografii komputerowej naprowadziły naukowców na nowy trop.

Zdeformowane ramiona zmumifikowanego ciała faraona wskazują na to, że prawdopodobnie został ujęty i mocno skrępowany. Ręce z olbrzymią siłą związano mu na plecach.

Egipscy naukowcy doszli również do wniosku, że Sekenenre Tao II zginął w trakcie "ceremonialnej egzekucji".

Obrażenia na głowie faraona ukazały, że ciosy zadano mu i sztyletami podobnymi do tych, które przechowywane są w muzeum w Kairze.