Audytorzy nie mają zastrzeżeń do jakości leczenia w Centrum Onkologii, ale ich wątpliwości budzi stan finansowy szpitala. Zarzucili oni dyrekcji rozrzutność, która widoczna jest zwłaszcza w premiach przyznawanym pracownikom.  Wyniki audytu wskazują, że tylko w tamtym roku na premie wydano 9,5 mln zł, podczas gdy placówka zadłużona była na 13 mln zł.

Kontrola wykazała także niejasności w przetargach na leki, o czym została powiadomiona już prokuratura, a także rzecznik dyscyplinarny finansów publicznych. Według wyników audytu 15 mln zł zarobiła firma farmaceutyczna, dla której była dyrektor centrum na osobnej umowie prowadziła badania leku. 

Audyt wskazał 36 nieprawidłowości, m.in. dotyczących finansów oraz spraw personalnych.