Do nieprawidłowości mogło dojść w związku ze zlecaniem usług doradczych i eskperckich w spółce PKP S.A., w Intercity oraz w PKP Informatyka. Minister infrastruktury wskazywał w raporcie m.in., że wątpliwości budzi udzielanie uprawnień, mogło również zaistnieć niedopełnianie obowiązków przez osoby odpowiadające w tych spółkach za sprawy majątkowe.

Według raportu przeprowadzonego przez NIK, PKP wydawało setki tysięcy złotych na badania i usługi, z których w późniejszym czasie nie korzystało. Z raportu wynika, że znaczna część zamówień na ekspertyzy była składana bez konkursu. Ponadto spółki należące do PKP nie zawsze dokonywały dokumentowania składanych zamówień.