Magdalena Rzeczkowska ukończyła Wydział Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego oraz studia podyplomowe w zakresie integracji europejskiej. W 2002 rozpoczęła pracę w Ministerstwie Finansów. Była tam m.in. wicedyrektorem w Departamencie Polityki Celnej i dyrektorem Departamentu Ceł. 

W marcu 2020 r. została powołana na wiceministra finansów i szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Była odpowiedzialna m.in. za wprowadzenie programu „Klient w centrum uwagi KAS”, który zawiera takie projekty jak e-Urząd Skarbowy, Auto Zwrot, czy też System Informacji Celno-Skarbowej EUREKA. Przeprowadziła wdrożenie elektronicznego systemu poboru opłat drogowych e-Toll.

– To nominacja, którą otrzymuje osoba niezwykle doświadczona. Urzędnik, który zdecydował się przyjąć na siebie tę niezwykle ważną funkcję po przejściu, śmiało można powiedzieć, całej drogi związanej z funkcjonowaniem systemu finansowego państwa – powiedział podczas wręczenia nominacji prezydent Andrzej Duda. 

8 kwietnia prezydent wręczył jej akt mianowania na stopień nadinspektora Służby Celno-Skarbowej – był to awans generalski. – Akt mianowania to dla mnie docenienie budowanej od pięciu lat Krajowej Administracji Skarbowej. Efektywnej, nowoczesnej i przyjaznej klientowi organizacji, która zapewnia bezpieczeństwo finansowe państwa, oferuje nowoczesne usługi, wspiera klientów i jest otwarta na ich potrzeby – mówiła wówczas Magdalena Rzeczkowska.

Poprzedni minister finansów, Tadeusz Kościński, złożył w lutym dymisję. Od tego czasu funkcję ministra finansów sprawował premier Mateusz Morawiecki.