Stefan Sutkowski za swoją działalność uhonorowany został najwyższymi polskimi orderami państwowymi, m.in. Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą, Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski, a także zagranicznymi: Krzyżem Honorowym I Klasy w dziedzinie Nauki i Sztuki Prezydenta Republiki Austrii, Komandorią Orderu Zasługi Republiki Włoskiej, Krzyżem Oficerskim Zakonu Kawalerów Maltańskich.

Był twórcą Festiwalu Mozartowskiego, który w tym roku obchodzi 27 edycję. W roku 2002 otrzymał doktorat honoris causa Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie. W roku 2007 otrzymał Złoty Medal Zasłużony Kulturze Gloria Artis.