Protest przeciwko ważności referendum można złożyć bezpośrednio w budynku SN w punkcie obsługi interesantów od poniedziałku do piątku w godz. 8.30–15.30. Protest można też nadać w placówce pocztowej Poczty Polskiej. "Protest nadany u innego operatora musi wpłynąć do SN przed upływem terminu do jego wniesienia, dlatego też wysłanie protestu np. kurierem nie gwarantuje zachowania terminu do jego wniesienia" - zaznacza SN.

Regulacje dotyczące kwestii protestów przeciw ważności referendum znajdują się w rozdziale 5 Ustawy o referendum ogólnokrajowym. W ostatnim czasie Sąd Najwyższy wydał komunikat w sprawie trybu wnoszenia protestów przeciwko ważności referendum, który jest dostępny na stronie internetowej SN.

Z kolei głosujący przebywający za granicą lub na polskim statku morskim mogą złożyć protest przeciwko ważności referendum odpowiednio właściwemu terytorialnie konsulowi lub kapitanowi statku. Tacy głosujący muszą dołączyć do protestu zawiadomienie o ustanowieniu swojego pełnomocnika zamieszkałego w kraju lub pełnomocnika do doręczeń zamieszkałego w kraju. Protest nadany do konsula wysłany pocztą zagraniczną lub kurierem musi wpłynąć do urzędu konsularnego przed upływem terminu do wniesienia protestu.

Prawo wniesienia protestu przeciwko ważności referendum przysługuje tylko osobom uprawnionym do udziału w referendum, przewodniczącym obwodowych komisji do spraw referendum oraz podmiotom uprawnionym do udziału w kampanii referendalnej. Skarżący nie mają obowiązku ustanowienia profesjonalnego pełnomocnika (adwokat, radca prawny), mogą wnieść protest osobiście.

Protest przeciwko ważności referendum musi być wniesiony na piśmie. Niedopuszczalne jest wniesienie protestu w formie innej niż pisemna, czyli na przykład faksem, e-mailem, przez ePUAP.

Protest musi spełniać wymogi formalne, czyli w szczególności zawierać:

- oznaczenie podmiotu wnoszącego protest z podaniem jego adresu i numeru PESEL;

- oznaczenie pełnomocnika wraz ze wskazaniem jego adresu – jeżeli został on ustanowiony (do protestu należy dołączyć dokument pełnomocnictwa);

- wniosek o stwierdzenie nieważności referendum lub referendum w obwodzie;

- zarzuty;

- przedstawienie lub wskazanie dowodów, na których oparto zarzuty;

- uzasadnienie zarzutów;

- własnoręczny podpis skarżącego lub jego pełnomocnika.

Jeżeli osoba uprawniona do udziału w referendum wnosi protest przeciwko ważności referendum z powodu naruszenia przepisów dotyczących głosowania lub ustalenia wyników głosowania w obwodzie lub przez komisarza wyborczego, protest musi dodatkowo zawierać oznaczenie, w którym z obwodów głosowania lub na obszarze właściwości którego komisarza wyborczego w spisie osób uprawnionych do udziału w referendum było umieszczone imię i nazwisko wnoszącego protest.

Natomiast jeżeli protest składa osoba przebywająca za granicą lub na polskim statku morskim, protest ten musi dodatkowo zawierać oznaczenie pełnomocnika zamieszkałego w Polsce lub pełnomocnika do doręczeń zamieszkałego w Polsce wraz ze wskazaniem ich adresów i dołączonym dokumentem pełnomocnictwa.

SN rozpoznaje protesty w składzie trzech sędziów. Co do zasady protesty rozpoznawane są na posiedzeniach niejawnych, w którym udział biorą wyłącznie sędziowie, bez możliwości uczestniczenia w nim osób trzecich. Z ważnych przyczyn, protesty mogą zostać skierowane do rozpoznania na posiedzeniu jawnym.

Jeżeli protest spełnia warunki formalne, wówczas jego rozpoznanie kończy się postanowieniem, w którym SN wydaje opinię w sprawie protestu. SN może wyrazić opinię, że protest jest niezasadny bądź że jest on zasadny. W przypadku wyrażenia opinii o zasadności zarzutów protestu wskazywane jest, czy stwierdzone nieprawidłowości miały lub nie wpływ na wynik referendum.

Ostatecznie SN w składzie całej Izby Kontroli Nadzwyczajnej i Spraw Publicznych, na podstawie sprawozdania z głosowania przedstawionego przez PKW oraz opinii wydanych w wyniku rozpoznanych protestów, rozstrzyga o ważności referendum. Rozstrzygnięcie przybiera formę uchwały, która wydawana jest nie później niż w 60. dniu od ogłoszenia wyniku referendum, na posiedzeniu jawnym z udziałem Prokuratora Generalnego i przewodniczącego PKW.

Państwowa Komisja Wyborcza ogłosiła oficjalne wyniki niedzielnego referendum we wtorek na wieczornej konferencji prasowej; teraz muszą zostać ogłoszone w Dzienniku Ustaw.

Rozstrzygnięcie Sądu Najwyższego co do ważności referendum nie jest związane z kwestią wiążącego lub niewiążącego wyniku tego referendum. Frekwencja w referendum wyniosła 40,91 proc.; jego wyniki nie są więc wiążące. Wyniki referendum są wiążące, jeśli do urn pójdzie więcej niż połowa uprawnionych do głosowania.