Żydzi stanowili największą grupę deportowanych do Auschwitz oraz jego ofiar. Niemcy przywieźli ich ponad 1,1 mln. Zgładzili co najmniej 1 mln, z czego ok. 100 tys. jako więźniów obozu. Nie mniej niż 900 tys. zabili w komorach gazowych tuż po przywiezieniu.

Według historyków z Muzeum Auschwitz do początku 1942 r. Niemcy deportowali do obozu wyłącznie Żydów przywożonych w stosunkowo niedużej liczbie razem z innymi więźniami, głównie Polakami, którzy stanowili do połowy 1942 r. większość stanu liczbowego.

Polski Żyd Dawid Wongczewski, deportowany 20 czerwca z więzienia w Wiśniczu Nowym, był pierwszą śmiertelną ofiarą Auschwitz. Po ucieczce 6 lipca 1940 r. Polaka Tadeusza Wiejowskiego, Niemcy przeprowadzili karny apel, który trwał 20 godzin. Wongczewski, wcześniej katowany w więzieniu, zmarł w nocy z 6 na 7 lipca.

W połowie 1942 r. Żydzi zaczęli przeważać liczbowo w obozie. Stanowili ponad połowę spośród ponad 400 tys. zarejestrowanych więźniów. W większości zginęli w Auschwitz bądź po przewiezieniu do innych obozów.

Najliczniejszą grupę Żydów deportowanych do Auschwitz stanowili obywatele Węgier, państwa sojuszniczego Rzeszy. Od maja do lipca 1944 r. do obozu przywieziono ich ok. 430 tys. Wcześniej rząd węgierski, na czele którego stał Miklosz Kallay, nie akceptował niemieckich żądań zorganizowania deportacji. Dopiero po wkroczeniu 19 marca 1944 r. na Węgry wojsk hitlerowskich, obaleniu Kallaya i przejęciu władzy przez Dome Sztojaya rozpoczęto wywózki. Organizacją transportów kierował oficer SS Adolf Eichmann. W 1960 r. został ujęty przez wywiad izraelski w Argentynie i po procesie stracony dwa lata później w Jerozolimie.

Drugą pod względem liczebności była społeczność żydowska z terenów II Rzeczypospolitej. Szacowana jest na ok. 300 tys. osób.

Historycy z Muzeum Auschwitz podają, że obóz odegrał też rolę "stacji końcowej" dla 73 tys. Żydów z Protektoratu Czech i Moraw oraz Słowacji, 69 tys. z Francji, 60 tys. z Holandii, 55 tys. z Grecji, 25 tys. z Belgii, 23 tys. z Niemiec i Austrii, 10 tys. z Jugosławii, 7,5 tys. z Włoch i 690 z Norwegii. Inicjatorem i zasadniczym organizatorem deportacji były władze niemieckie i ich zagraniczne przedstawicielstwa.

Zapowiedzi "ostatecznego rozwiązania problemu żydowskiego" (Endloesung der Judenfrage) widoczne były w Niemczech na wiele lat przed objęciem 30 stycznia 1933 r. przez Adolfa Hitlera urzędu kanclerza Rzeszy.

Brytyjski historyk i publicysta Paul Johnson w "Historii Żydów" uznaje, że przełomową datą dla prób realizacji "ostatecznego rozwiązania" był 1 września 1939 r. Tego dnia został napisany na osobistym papierze listowym Hitlera rozkaz nakazujący rozpoczęcie badań naukowych usprawiedliwiających zgładzenie osób umysłowo chorych. Dokument o kryptonimie T-4 nosił cechy charakterystyczne dla całego programu ludobójstwa: przesądzał zaangażowanie SS, stosował eufemizmy, wskazywał na potrzebę zachowywania pozorów.

Według Johnsona prawdopodobnie w czerwcu 1941 r. Adolf Hitler wydał rozkaz rozpoczęcia masowej eksterminacji Żydów w obozach. Budowa maszynerii zagłady trwała całe lato i jesień 1941 r.

20 stycznia 1942 r. Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA) zorganizował w willi w Wannsee na przedmieściach Berlina konferencję na temat zagłady Żydów. Jej zadaniem było potwierdzenie "ostatecznego rozwiązania" oraz koordynacja wysiłków do jego osiągnięcia. Od tego momentu wszystko, co wiązało się z realizacją "ostatecznego rozwiązania", otrzymało absolutny priorytet, nawet przed wysiłkiem wojennym. Koordynatorem akcji został Adolf Eichmann.

Po Wannsee nastąpiło przyspieszenie działań. Już w następnym miesiącu Niemcy rozpoczęli masowe mordy w obozie w Bełżcu. W marcu ruszyła budowa obozu w Sobiborze. Równocześnie Auschwitz, Majdanek, Treblinka zostały przekształcone w obozy zagłady. Hitlerowcy zamierzali objąć akcją Żydów zamieszkałych w Rzeszy, krajach sojuszniczych, terenach okupowanych i neutralnych, a także w krajach koalicji antyhitlerowskiej, które planowali w przyszłości zająć.

Po tym jak latem 1941 r. zwierzchnik SS Heinrich Himmler wskazał Auschwitz jako miejsce "ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej", komendant obozu Rudolf Hoess zadecydował, że stanie się to w obozie Auschwitz II-Birkenau, oddalonym o 3 km od obozu macierzystego. Jego budowa rozpoczęła się w październiku 1941 r., a pierwsi więźniowie trafili na początku 1942 r.

Ofiary mordowano gazem o nazwie Cyklon B, którego działanie - na rozkaz kierownika obozu Auschwitz I Karla Fritzscha - Niemcy wcześniej sprawdzali na sowieckich jeńcach wojennych.

Eichmann podczas pierwszej wizytacji wytypował w rejonie Birkenau niewielki budynek po wysiedlonym Polaku. Zamurowano w nim okna, wzmocniono i uszczelniono drzwi, a w ścianach wykonano specjalne otwory wrzutowe. Na drzwiach wejściowych umieszczono napis: "Do łaźni". W ten sposób powstała komora gazowa zwana bunkrem 1. Po zamknięciu drzwi przeszkoleni dezynfektorzy SS przez otwory w ścianach wsypywali Cyklon B. Śmierć następowała w kilka minut. Po przewietrzeniu komory zwłoki zakopywano w głębokich dołach.

Dokładna data rozpoczęcia w KL Auschwitz masowej zagłady Żydów nie jest znana. Niektóre źródła wskazują, że pojedyncze transporty uśmiercano już jesienią 1941 r. Część badaczy przyjmuje, że masowe mordy rozpoczęły się w pierwszych miesiącach 1942 r. Większość przywiezionych wówczas do Auschwitz Żydów niezwłocznie zabijano.

Jak podają historycy z Muzeum Auschwitz, najpóźniej 4 lipca 1942 r. Niemcy zaczęli przeprowadzać wśród Żydów przywożonych do obozu w transportach RSHA regularne selekcje, w wyniku których przeciętnie tylko 20 proc. osób zachowywano przy życiu i umieszczano w obozie jako zdolnych do niewolniczej pracy więźniów.

Zatrudniano ich głównie przy rozbudowie obozu oraz w niemieckich przedsiębiorstwach przemysłowych zaangażowanych w podtrzymywaniu i wzmacnianiu potencjału militarnego Trzeciej Rzeszy. Byli masowo przenoszeni z Auschwitz do jego podobozów tworzonych w okolicy oraz do obozów w głębi Trzeciej Rzeszy.

Latem 1942 r., gdy coraz więcej transportów docierało do Auschwitz, Niemcy uruchomili drugą komorę gazową, zwaną bunkrem numer 2. Można w niej było uśmiercić jednorazowo około 1,2 tys. osób.

Bunkry 1 i 2 funkcjonowały do czasu powstania czterech ogromnych komór gazowych i krematoriów, których budowa trwała od lata 1942 do czerwca 1943 r. Tuż po zakończeniu prac zaczęły funkcjonować. Niemcy szacowali, że dobowa wydajność krematoriów wynosiła ponad 4,4 tys. ciał.

Największe nasilenie zagłady Żydów miało miejsce wraz z nadejściem transportów z Żydami węgierskimi w 1944 r. Istniejące krematoria nie wystarczały. Niemcy ponownie uruchomili bunkier numer 2.

Szef SS Heinrich Himmler, tuż po rozpoczęciu masowego uśmiercania Żydów, wydał rozkaz, by kobietom obcinać włosy przed śmiercią. Wszystkim wyjmowane miały być także złote zęby oraz zdejmowane obrączki, pierścionki i kolczyki. Trafiało to do firm w Rzeszy. Osobisty majątek ofiary pozostawiały na rampie, skąd trafiał do specjalnego komanda zwanego potocznie "Kanadą".

Usuwaniem zwłok, a także obcinaniem włosów, wyjmowaniem zębów i paleniem ciał, zajmowali się więźniowie z tzw. Sonderkommando. Byli to głównie Żydzi, których więziono w podziemiach bloku 11 obozu Auschwitz I, a od połowy 1944 r. w różnych pomieszczeniach krematoriów w Birkenau. Ich liczebność maksymalnie wynosiła ok. 900 osób.

Pod koniec lata 1944 r. liczba transportów zaczęła się zmniejszać. Niemcy postanowili zatrzeć ślady zbrodni w Auschwitz. Obozowe gestapo niszczyło dokumentację, m.in. imienne wykazy deportowanych Żydów. Od września 1944 r. likwidowano doły z ludzkimi prochami. Od października do końca roku rozebrano krematorium IV. 2 listopada prawdopodobnie wstrzymano zabijanie cyklonem B w komorach gazowych Birkenau.