Jego charyzmatyczne kazania sprawiły, że naraził się starszyźnie żydowskiej, która podburzyła lud, przedstawiając w Sanhedrynie fałszywych świadków i oskarżając Szczepana o bluźnierstwo przeciw Świątyni i Prawu. Po rozprawie tłum wywlókł młodego diakona za miasto i tam, w pobliżu Bramy Damasceńskiej, ukamienował za wiarę. Stąd katolicy we wspomnienie tego świętego modlą się za chrześcijan prześladowanych na całym świecie.

Kult pierwszego diakona i męczennika rozwinął się natychmiast po jego śmierci. Jednakże wskutek prześladowań chrześcijan, zapoczątkowanych właśnie przez jego śmierć, potem też w wyniku najazdu Rzymian i innych nieszczęść, zapomniano o jego grobie. Dopiero w 415 św. Lucjan miał sen, w którym ukazał mu się Gamaliel – nauczyciel św. Pawła i wskazał miejsce pochowania św. Szczepana w Kifaz-Gamla. W miejscu tym biskup Jerozolimy – Jan wystawił murowaną bazylikę, a drugą w miejscu, gdzie św. Szczepan miał być ukamienowany. Potem szczątki świętego znalazły się w Konstantynopolu, a w 560 dotarły do Rzymu, gdzie umieszczono je w bazylice św. Wawrzyńca za Murami.

W ikonografii święty jest przedstawiany najczęściej w scenie kamienowania lub jako młody diakon, w dalmatyce, a jego atrybutami są: gałąź palmowa, księga Ewangelii, kamienie.

W państwie Karolingów, a następnie w innych krajach zachodnich i północnych, św. Szczepan stał się patronem koni, dlatego 26 grudnia święcono owies. Ma on symbolizować zarówno kamienie spadające na pierwszego męczennika, jak i troskę rolników o dobre plony.

Jego imię nosi w wielu krajach drugi dzień świąt Bożego Narodzenia. Natomiast w Wielkiej Brytanii i niektórych krajach Wspólnoty Brytyjskiej jest to tzw. „Boxing Day”, przy czym wiąże się to nie z boksem jako sportem, lecz z pudłem: „box”, czyli pudło, nawiązuje do starej tradycji, kiedy to służba i doręczyciele, jak dostawcy węgla czy listonosze, na Boże Narodzenie otrzymywali prezenty zapakowane w pudełka. Obecnie w tym dniu wszelkiego rodzaju dostawcy oraz śmieciarze otrzymują specjalne napiwki.

Ale Boxing Day ma też inne znaczenie i wiąże się bezpośrednio ze św. Szczepanem: jako diakon był on posłany do opieki nad ubogimi. Na tę pamiątkę w drugim dniu świąt Bożego Narodzenia otwierane są w kościołach puszki, w których składana jest jałmużna na pomoc ubogim, którzy ją wtedy otrzymują.

Obecnie coraz powszechniejszy w krajach anglosaskich staje się zwyczaj, aby w Boxing Day pójść na mecz piłki nożnej, rugby, wyścigi konne albo na inne wydarzenie sportowe, bo „przecież św. Szczepan jest także patronem koni i powożących”.

Pierwszy męczennik, czyli Protomartyr, jest patronem woźniców, stangretów, stajennych, murarzy, krawców, kamieniarzy, tkaczy, stolarzy, bednarzy. Wzywany jest w przypadku bólu głowy, kamicy, kolki i opętania, a także w modlitwie o dobrą śmierć.

Ponad 80 miejscowości w Polsce wywodzi swoją nazwę od imienia św. Szczepana. Wśród nich jest Szczepanów – wieś, w której urodził się św. Stanisław Biskup i Męczennik.